本书对我国针灸学的发展影响很大，起到了承先启后的巨大作用。

《针灸甲乙经》是我国现存最早的一部针灸学专书，也是最早最多地收集和整理古代针灸资料的重要文献。本书的内容主要取材于《素问》、《灵枢》、《明堂孔穴针灸治要》三书，这三部书是晋代以前在医学基础理论和针灸治疗等方面带有总结性的主要医学著作，具有丰富的理论知识和实践经验。皇甫谧为使其内容更加系统化和切合实用，“乃撰集三部，使事类相从，删其浮辞，除其重复，论其精要，至为十二卷。”