Olex2软件单晶结构解析及晶体可视化

第1章 Olex2软件的介绍、配置、优缺点及引用 1
1.1 Olex2软件的介绍 2
1.2 Olex2的配置 2
1.3 Olex2的图形化界面及各个选项卡和按钮的作用 3
1.4 Olex2基本操作 13
1.5 Olex2的优缺点 15
1.6 Olex2的引用 16
1.7 Olex2 的更新 16

第2章 单晶衍射点数据APEX3与CrysAlisPro还原流程 17
2.1 APEX3数据还原过程 18
2.2 CrysAlispro数据还原过程 28

第3章 Olex2软件单晶结构解析整体流程 43
3.1 建立文件夹，运行XPREP程序 44
3.2 利用Solve进行初解结构 49
3.3 利用Refine进行结构精修 52
3.4 给原子进行编号、排序 54
3.5 原子加氢 55
3.6 精修权重 57
3.7 解析的合理性 58
3.8 生成cif文件及检测cif文件 59
3.9 产生结构信息报告 61
3.10 总结 62

第4章 解析实例 63
4.1 利用Solve-ShelXS中的重原子法Patterson Method进行解析 64
4.2 置换无序处理 79
4.3 手性晶体绝对构型的确定与翻转 91
4.4 孪晶及孪晶矩阵拆分 99
4.5 无序的处理及限制命令的应用 108
4.6 晶体空间群变换及对称性检查 115

第5章 cif文件的详细解析、检测及CCDC号的申请 123
5.1 cif格式详细讲解 124
5.2 cif文件的检测 133
5.3 cif检测出现的A、B等类警告的讲解 136
5.4 一些常见A类警告及解决办法 140
5.5 CCDC号的申请 143
5.6 CCDC、ICSD的使用 149

第6章 晶体结构画图 157
6.1 ShelXTL软件画图 158
6.2 Diamond软件画图 170
6.3 Mercury软件画图 175

第7章 三维拓扑结构分析 177
7.1 [Ln(H2O)7][Ln(H2O)5][Co2Mo10H4O38]拓扑结构分析 178
7.2 (C2N2H10)2[Sr(H2O)5][Co2Mo10H4O38]·2H2O拓扑结构分析 186
7.3 (C2N2H10)2[Ba(H2O)3][Co2Mo10H4O38]·3H2O拓扑结构分析 191

参考文献 198