RNA-seq数据分析实用方法

第1章 RNA-seq简介 1.1 引言 1.2 RNA的分离 1.3 RNA的质量控制 1.4 文库制备 1.5 主要的RNA-seq平台 1.5.1 Illumina 1.5.2 SOLID 1.5.3 Roche 454 1.5.4 Ion Torrent 1.5.5 Pacific Bioscience 1.5.6 纳米孔技术 1.6 RNA-seq的应用 1.6.1 蛋白质编码基因结构 1.6.2 新型蛋白质编码基因 1.6.3 基因表达的量化和比较 1.6.4 表达数量性状基因座 1.6.5 单细胞RNA-seq 1.6.6 融合基因 1.6.7 基因变异 1.6.8 长的非编码RNA 1.6.9 非编码小RNA 1.6.10 扩增产物测序（ampli-seq） 1.7 选择RNA-seq平台 1.7.1 选择RNA-seq平台和测序模式的8个原则 1.7.2 小结 参考文献 第2章 RNA-seq数据分析导论 2.1 引言 2.2 差异表达分析工作流程 2.2.1 **步：读段的质量控制 2.2.2 第二步：读段的预处理 2.2.3 第三步：将读段比对到参考基因组 2.2.4 第四步：基因组引导的转录组组装 2.2.5 第五步：计算表达水平 2.2.6 第六步：比较不同条件之间的基因表达 2.2.7 第七步：在基因组的上下文中的数据可视化 2.3 下游分析 2.3.1 基因注释 2.3.2 基因集的富集分析 2.4 自动的工作流程和管线 2.5 硬件要求 2.6 仿效书中的示例 2.6.1 使用命令行工具和R 2.6.2 使用Chipster软件 2.6.3 示例数据集 2.7 小结 参考文献 第3章 质量控制和预处理 3.1 引言 3.2 质量控制和预处理的软件 3.2.1 FastQC 3.2.2 PRINSEQ 3.2.3 Trimmomatic 3.3 读段质量问题 3.3.1 碱基质量 3.3.2 模糊的碱基 3.3.3 接头 3.3.4 读段长度 3.3.5 序列特异性偏差和由随机联体引物造成的不匹配 3.3.6 GC含量 3.3.7 重复 …… 第4章 将读段比对到参考基因组 第5章 转录组组装 第6章 定量和基于注释的质量控制 第7章 R和Bioconductor中的RNA-seq分析框架 第8章 差异表达分析 第9章 差异外显子用法分析 第10章 注释结果 第11章 可视化 第12章 非编码小RNA 第13章 非编码小RNA测序数据的分析