R语言在基因组分析中的应用

绪论 概率与数理统计简介 一、随机现象和随机试验 二、样本空间与事件 三、古典概型 四、条件概率和事件的独立性**章 数量遗传学基础 **节 基因频率和基因型频率 第二节 遗传效应和遗传差异 第三节 平均等位基因替代效应 第四节 遗传方差组分 第五节 遗传力 第六节 哈代-温伯格平衡条件下的F2家系 第七节 模拟基因型分布 第八节 哈代一温伯格比例检测第二章 统计基因组学中的作图函数和重组率 **节 Mapping函数与重组 一、物理图谱和遗传图谱 二、作图函数的推导 三、Haldane作图函数 四、Kosambi作图函数 第二节 重组率 一、交配设计 二、重组率的*大似然估计 三、标准误差和显著性检验 四、估计r期望极大化算法(EM) 五、多点方法计算缺失基因型的概率 第三节 作图函数的导出 一、推导**的积分知识 二、Haldane作图函数 三、Kosambi作图函数 四、Haldane作图函数的另一种推导方式第三章 R语言入门 **节 R语言简介 一、R语言的特点 二、R语言的缺点 三、重要概念：CRAN 第二节 应用举例 第三节 R语言的数据操作 一、R语言与工作目录 二、改变工作目录 三、函数与对象 第四节 R语言统计学基础 一、t检验 二、方差分析 第五节 导人CSV、TXT文件 一、read.table函数 二、scan函数 三、readxl包 四、RODBC包(只适用于Windows) 五、XLConnect包 第六节 R语言中生成虚拟变量／哑变量 练习第四章 R语言绘图第五章 R语言应用于生物统计 一、方差检验 二、多水平多重复数据如何读取 三、相关性分析 四、回归分析 五、多元线性回归分析 六、变量选择与*优回归 七、Logistic回归 练习