分子生物学(袁红雨 )(第二版)

绪论

第1章 核酸的结构与性质
1.1 DNA的结构 6
1.1.1 DNA的化学组成 6
1.1.2　DNA双螺旋 8
1.1.3　DNA结构的多态性 9
1.1.4 DNA拓扑学 11
1.2　DNA的变性和复性 16
1.2.1　DNA变性 16
1.2.2 复性 18
1.3 RNA结构 19

第2章 基因组DNA和染色体
2.1 原核生物的基因组和染色体 23
2.1.1 原核生物基因组的遗传结构 23
2.1.2 原核生物的染色体 24
2.2 真核生物的基因组 26
2.2.1 真核生物的C值矛盾与非编码DNA 26
2.2.2 真核生物基因组的序列组分 27
2.3 真核生物的染色体和染色质 33
2.3.1 组蛋白 33
2.3.2 核小体 34
2.3.3 从核小体到中期染色体 35
2.3.4 异染色质与常染色质 37
2.3.5 真核生物染色体DNA上的几个重要元件 38
2.4 核外基因组 41
2.4.1 质粒基因组 41
2.4.2 线粒体基因组 43
2.4.3 叶绿体基因组 44

第3章 DNA的复制
3.1 DNA复制的一般特征 47
3.1.1 半保留复制 47
3.1.2 双向复制 48
3.1.3 DNA合成的引发 49
3.1.4 半不连续复制 49
3.2 DNA聚合酶 49
3.2.1 DNA合成的化学基础 49
3.2.2 DNA聚合酶的催化机制 50
3.2.3 原核生物DNA聚合酶 53
3.2.4 真核生物DNA聚合酶 55
3.3 大肠杆菌染色体DNA的复制 55
3.3.1 复制的起始 56
3.3.2 复制的延伸 57
3.3.3 复制的终止 61
3.3.4 复制起始调控 61
3.4 真核生物基因组DNA的复制 62
3.4.1 SV40 DNA的复制 62
3.4.2 核小体的组装 64
3.4.3 端粒DNA复制 66
3.4.4 真核生物基因组复制的调控 67
3.5 滚环复制与D环复制 68
3.5.1 滚环复制 68
3.5.2 D环复制 71
3.6 反转录与反转录病毒 71
3.6.1 反转录病毒的结构 71
3.6.2 反转录病毒的基因组 72
3.6.3 反转录过程 72

第4章 DNA的突变和修复
4.1 DNA突变 76
4.1.1 突变的主要类型 76
4.1.2 突变的产生 79
4.1.3 正向突变、回复突变与突变的校正 86
4.1.4 突变热点 87
4.2 DNA修复 88
4.2.1 光复活 89
4.2.2 烷基的转移 89
4.2.3 切除修复 90
4.2.4 错配修复 91
4.2.5 极小补丁修复 93
4.2.6 重组修复 93
4.2.7 SOS反应 94
4.2.8 真核生物的DNA修复 96

第5章 DNA的重组
5.1 同源重组 101
5.1.1 同源重组的分子模型 101
5.1.2 大肠杆菌的同源重组 104
5.1.3 真核细胞的同源重组 106
5.1.4 接合型转换 108
5.1.5 基因转换 111
5.2 保守性位点特异性重组 111
5.2.1 保守性位点特异性重组发生在特定的DNA序列之间 111
5.2.2 CSSR可以产生3种不同类型的DNA重排 112
5.2.3 位点特异性重组酶 113
5.2.4 位点特异性重组在生物学过程中的作用 114
5.3 转座 116
5.3.1 DNA转座子 118
5.3.2 反转录转座子 126
5.3.3 V(D)J重组产生抗体的多样性 131
5.3.4 Mu噬菌体 136

第6章 DNA的转录
6.1 原核生物的转录机制 140
6.1.1 大肠杆菌RNA聚合酶 140
6.1.2 σ70启动子 141
6.1.3 原核生物的转录周期 142
6.2 真核生物的转录机制 147
6.2.1 真核生物RNA聚合酶 147
6.2.2 RNA聚合酶Ⅱ基因的转录 148
6.2.3 RNA聚合酶Ⅰ基因的转录 156
6.2.4 RNA聚合酶Ⅲ基因的转录 158

第7章 RNA的转录后加工
7.1 真核生物前体mRNA的加工 162
7.1.1 5′-端加帽 163
7.1.2 3′-端加尾 164
7.1.3 剪接 165
7.1.4 RNA编辑 173
7.1.5 mRNA运出细胞核 176
7.2 mRNA降解 177
7.2.1 原核生物mRNA的降解 177
7.2.2 真核生物mRNA的降解 177
7.3 前体rRNA和前体tRNA的加工 178
7.3.1 原核生物前体rRNA的加工 178
7.3.2 真核生物前体rRNA的加工 179
7.3.3 原核生物前体tRNA的加工 182
7.3.4 真核生物前体tRNA的加工 183
7.4 四种内含子的比较 184
7.4.1 细胞核前体mRNA的GU–AG型内含子 184
7.4.2 Ⅰ型内含子 184
7.4.3 Ⅱ型内含子 185
7.4.4 真核生物前体tRNA内含子 185

第8章 蛋白质的合成与加工
8.1 遗传密码 188
8.1.1 遗传密码是三联体 188
8.1.2 遗传密码的破译 189
8.1.3 密码子的特性 192
8.2 tRNA 194
8.2.1 tRNA分子的二级结构 194
8.2.2 tRNA分子的三级结构 195
8.2.3 密码子和反密码子的相互作用 195
8.3 氨酰-tRNA合成酶 196
8.3.1 氨酰–tRNA合成酶催化的化学反应 196
8.3.2 氨酰–tRNA合成酶的分类 197
8.3.3 氨酰–tRNA合成酶对tRNA的识别 198
8.3.4 氨酰–tRNA合成酶的校正功能 199
8.4 核糖体 201
8.4.1 核糖体的结构 201
8.4.2 肽酰转移酶反应 202
8.4.3 核糖体循环与多聚核糖体 202
8.5 多肽链的合成 203
8.5.1 原核生物多肽链的合成 203
8.5.2 真核生物多肽链的合成 208
8.6 反式翻译 211
8.6.1 tmRNA的结构与功能 211
8.6.2 反式翻译的分子模型 212
8.7 程序性核糖体移码 213
8.8 硒代半胱氨酸 214
8.9 吡咯赖氨酸 215
8.10 依赖翻译的mRNA质量监控 215
8.10.1 无义介导的mRNA降解 215
8.10.2 无终止密码子介导的mRNA降解 217
8.11 蛋白质合成的抑制剂 217
8.12 蛋白质翻译后加工 219
8.12.1 蛋白质的折叠 219
8.12.2 蛋白质的化学修饰 221
8.12.3 蛋白质的酶解切割 223
8.12.4 内含肽与蛋白质拼接 224
8.13 蛋白质的定向与分拣 226
8.13.1 翻译–转运途径 226
8.13.2 翻译后转运途径 227
8.14 蛋白质的降解 230
8.14.1 溶酶体降解途径 231
8.14.2 泛素–蛋白酶体途径 231

第9章 原核生物基因表达调控
9.1 转录水平的基因表达调控 234
9.1.1 转录起始调控 235
9.1.2 弱化作用与抗终止作用 248
9.2 翻译水平的基因表达调控 252
9.2.1 反义RNA 252
9.2.2 核糖体蛋白合成的自体控制 252
9.2.3 一些mRNA分子必须经过切割才能被翻译 254
9.2.4 严紧反应 255
9.3 核糖开关 256
9.4 DNA重排对基因转录的调控 258
9.5 λ噬菌体调控级联 259
9.5.1 裂解周期中的级联调控 259
9.5.2 溶原生长的自体调控 261
9.5.3 溶原生长建立的分子机制 263
9.5.4 裂解生长和溶原生长的选择 265
9.5.5 前噬菌体的诱导 265

第10章 真核生物基因表达调控
10.1 染色质的结构与基因表达 269
10.1.1 具有转录活性的染色质 269
10.1.2 染色质结构的调节 270
10.1.3 染色质的结构和功能域 275
10.2 DNA甲基化与基因组沉默 278
10.2.1 真核生物DNA的甲基化 278
10.2.2 DNA甲基化与基因沉默 279
10.2.3 DNA甲基化与基因组印记 280
10.2.4 X染色体失活 281
10.3 真核生物的特异性转录因子 282
10.3.1 转录因子的分离与鉴定 282
10.3.2 转录因子的功能域 284
10.4 转录因子的作用方式 289
10.4.1 转录激活因子 289
10.4.2 转录抑制因子 291
10.5 细胞外信号与转录因子的控制 291
10.5.1 脂溶性激素对转录因子活性的调节 291
10.5.2 信号转导对转录因子活性的调节 293
10.6 转录后水平的基因表达调控 298
10.7 翻译水平的基因表达调控 299
10.7.1 mRNA结合蛋白对翻译的调控 299
10.7.2 翻译激活因子对翻译的激活作用 301
10.8 RNA介导的基因沉默 301
10.8.1 RNA干扰 301
10.8.2 转录后基因沉默 302
10.8.3 siRNA诱导的转录沉默 303
10.8.4 微小RNA 304

参考文献