宏基因组学:方法与步骤(原书第二版)

前言 贡献者 第1章 构建小插入片段和大插入片段的宏基因组文库 1.1 介绍 1.2 实验材料 1.2.1 宏基因组DNA 1.2.2 小片段文库构建 1.2.3 大片段文库构建 1.3 实验方法 1.3.1 小片段宏基因组文库构建 1.3.2 大片段宏基因组文库构建 1.4 注释 参考文献 第2章 从海洋过滤样本提取总DNA与RNA及用于标记基因研究的cDNA通用模板的制备 2.1 介绍 2.2 实验材料 2.2.1 浮游细菌样品 2.2.2 DNA与RNA同时提取 2.2.3 提取的DNA与RNA纯化 2.2.4 DNA消化和PCR对照 2.2.5 **链和第二链合成 2.3 实验方法 2.3.1 从海水滤膜样品中同时提取DNA与RNA 2.3.2 纯化DNA与RNA 2.3.3 **链和第二链合成 2.4 注释 参考文献 第3章 海洋宏基因组大片段文库的构建与筛选 3.1 介绍 3.2 实验材料 3.2.1 取样 3.2.2 宏基因组DNA的分离 3.2.3 16S rDNA系统发生分析 3.2.4 构建宏基因组大片段文库 3.2.5 从宏基因组文库筛选具有群体感应抑制活性的基因 3.3 实验方法 3.3.1 取样流程 3.3.2 宏基因组DNA分离 3.3.3 16S扩增子测序 3.3.4 大片段文库构建 3.3.5 采用PCR扩增对宏基因组文库进行基于序列的筛选 3.3.6 基于功能的宏基因组文库筛选 3.4 注释 参考文献 第4章 寒冷和碱性极端环境宏基因组文库的构建与筛选 4.1 介绍 4.2 实验材料 4.2.1 完整的细胞提取和DNA提取 4.2.2 文库构建 4.2.3 酶活性筛选 4.3 实验方法 4.3.1 从伊卡岩柱样品中获取DNA 4.3.2 文库构建 4.3.3 低温和高pH条件下酶活性的筛选 4.3.4 宏基因组的偏差评估及酶潜力的检测 4.4 注释 参考文献 第5章 基于DNA/RNA/蛋白质的稳定同位素探针技术用于活性微生物标志物的高通量分析 第6章 植物内生细菌和真菌的多样性评估 第7章 通过宏基因组鸟枪法测序技术研究复杂微生物群落中的植物软腐病肠杆菌科病原菌 第8章 来源于宏基因组的基因在变铅青链霉菌中的克隆、表达和发酵优化 第9章 基于宏基因组数据的降解网络重建 第10章 宏基因组DNA功能表达的新工具 第11章 基于微孔板的活性和立体选择性水解酶的筛选 第12章 基于宏基因组文库的纤维素酶的筛选 第13章 利用对硝基苯基底物筛选宏基因组文库中辅助性木质纤维素酶的液相复用高通量筛选技术 第14章 修饰多酚类底物的糖基转移酶的筛选 第15章 从复杂微生物群落中分离编码新型PHA代谢酶基因的方法 第16章 基于功能宏基因组文库的磷酸酶活性编码基因的筛选和异源表达 第17章 基于活性宏基因组文库的氢化酶筛选 第18章 基于N-AHSL信号的干扰酶筛选 第19章 挖掘微生物信号分子助力次级代谢产物的生物探索