大熊猫微生物组

目录**章 大熊猫分布与演化1**节 大熊猫的分布1一、野生大熊猫分布现状1二、圈养大熊猫数量及分布4第二节 大熊猫的演化与历史分布7一、大熊猫的演化7二、大熊猫的历史分布8参考文献10第二章 大熊猫生活习性与营养11**节 大熊猫的生活习性11一、社会通讯11二、昼夜活动节律12三、生境选择13四、食性14五、繁殖15第二节 大熊猫食物与营养16一、大熊猫主食竹16二、其他食物27三、营养27参考文献37附件1 大熊猫的生长发育39第三章 大熊猫生理结构与微生物组43**节 大熊猫呼吸、消化及生殖系统43一、大熊猫形态43二、大熊猫呼吸道器官解剖形态及位置43三、大熊猫上消化道器官解剖形态及位置43四、大熊猫胸腔内器官44五、大熊猫腹腔内器官44六、大熊猫粪便45第二节 大熊猫微生物组48一、肠道微生物与宿主的关系49二、影响肠道微生物的因素50三、高通量测序技术在肠道微生物研究中的应用51四、大熊猫肠道微生物及功能51参考文献56第四章 大熊猫肠道微生物群落结构60**节 大熊猫肠道细菌种群结构60一、基于可培养技术研究大熊猫肠道细菌群落结构61二、基于免培养技术研究大熊猫肠道细菌群落结构65第二节 大熊猫肠道放线菌种群结构88一、基于可培养技术研究大熊猫肠道放线菌群落结构89二、基于免培养技术研究大熊猫肠道放线菌群落结构90第三节 大熊猫肠道真菌种群结构100一、基于可培养技术研究大熊猫肠道真菌群落结构100二、基于免培养技术研究大熊猫肠道真菌群落结构102第四节 大熊猫肠道病毒108一、大熊猫肠道病毒的流行108二、肠道病毒的培养及生物学特性111三、基于宏基因组测序研究大熊猫肠道病毒112参考文献115第五章 大熊猫肠道微生物群落的影响因素123**节 年龄对大熊猫肠道微生物的影响123一、成年大熊猫肠道菌群123二、老年大熊猫肠道菌群124三、亚成年、成年和老年大熊猫肠道菌群组成对比126第二节 性别对大熊猫肠道微生物的影响129第三节 地域对大熊猫肠道微生物的影响132一、圈养大熊猫肠道细菌菌群132二、不同地域亚成年大熊猫肠道菌群132三、不同地域成年大熊猫肠道菌群134四、地域对肠道微生物的影响分析134第四节 圈养、培训与放归对大熊猫肠道微生物的影响137一、圈养、培训与放归及野生大熊猫的肠道细菌菌群138二、圈养、培训与放归大熊猫的肠道真菌菌群139三、圈养、培训与放归对大熊猫肠道菌群的影响分析141第五节 食性转换对大熊猫肠道菌群的影响144一、食性转换中大熊猫肠道细菌菌群的变化145二、食性转换中大熊猫肠道真菌菌群的变化149三、食性转换对大熊猫肠道菌群的影响分析152第六节 竹子营养和微生物对圈养大熊猫肠道微生物的影响154一、食用不同竹种的大熊猫肠道细菌菌群154二、食用不同竹种的大熊猫肠道真菌菌群157三、竹营养对大熊猫肠道微生物的影响159四、不同竹种的细菌菌群161五、不同竹种细菌对大熊猫肠道细菌菌群的影响163六、不同竹种的真菌菌群164七、不同竹种真菌对大熊猫肠道真菌菌群的影响166八、竹营养与微生物对大熊猫肠道菌群的影响分析167第七节 野生大熊猫主食竹的营养与微生物组169一、大熊猫主食竹的营养170二、大熊猫主食竹的细菌菌群172三、大熊猫主食竹的真菌菌群175四、基于培养组学的大熊猫主食竹的细菌菌群178五、基于野外调查与分析的大熊猫食用竹的真菌类群191参考文献195第六章 大熊猫肠道微生物功能203**节 基于可培养技术的微生物功能解析203一、对木质纤维素的降解功能203二、益生功能204第二节 基于宏基因组学的微生物功能解析208一、基于宏基因组测序的基因功能分析208二、基于宏基因组组装基因组（MAG）的功能注释分析210第三节 基于宏转录组学的微生物功能解析216一、COG、GO功能注释216二、KEGG功能注释217三、CAZy功能注释219第四节 基于宏蛋白质组学的微生物解析功能221第五节 基于代谢组学的微生物功能解析224一、基于非靶向代谢组学的功能解析225二、基于靶向代谢组学的功能解析227三、基于核磁共振代谢组学的功能解析227参考文献236第七章 大熊猫肠道微生物与疾病240**节 大熊猫肠道致病菌及其生物学特性240一、大肠杆菌240二、肺炎克雷伯菌240三、空肠弯*菌241四、亚利桑那沙门氏菌241五、铜绿假单胞菌241六、小肠结肠炎耶尔森氏菌242七、溶血性链球菌242八、不动杆菌242九、毛霉菌243十、白色念珠菌243十一、其他肠道致病菌及其生物学特性243第二节 大熊猫肠道细菌耐药性244一、细菌的耐药机制245二、大熊猫肠道细菌的耐药表型与基因型246三、大熊猫细菌耐药性的控制策略256第三节 大熊猫肠道细菌毒力与耐药基因257一、基于宏基因组的毒力基因注释257二、基于宏转录组和宏基因组的耐药基因注释258三、基于全基因组的耐药基因和毒力基因的注释262第四节 大肠杆菌烈性噬菌体分离与生物学特性研究274一、噬菌体分离纯化274二、噬菌体的透射电镜观察274三、噬菌体裂解谱测定275四、噬菌体*佳感染复数测定275五、噬菌体一步生长*线测定277六、噬菌体温度和pH敏感性测定277七、噬菌体氯仿敏感性279八、大肠杆菌噬菌体分析279参考文献280第八章 大熊猫肠道寄生虫286**节 寄生虫分离鉴定及生物学特性286一、大熊猫肠道寄生虫种类286二、西氏贝蛔虫286第二节 西氏贝蛔虫基因组与转录组292一、西氏贝蛔虫基因组292二、西氏贝蛔虫发育转录组296三、西氏贝蛔虫分泌组300第三节 基于宏基因组学和宏转录组学的大熊猫肠道寄生虫304第四节 寄生虫的防控308一、治疗性驱虫308二、预防性驱虫308三、大熊猫粪便的无害化处理308四、重视和不断改善大熊猫的福利308五、大熊猫寄生虫药物防治309参考文献310第九章 大熊猫生殖道微生物群落结构与功能313**节 基于可培养技术的细菌菌群313第二节 基于16SrRNA高通量测序的细菌种群结构314第三节 基于ITS高通量测序的真菌种群结构318第四节 基于宏基因组的种群结构321参考文献329第十章 大熊猫口腔微生物331**节 大熊猫口腔微生物群落结构331一、大熊猫口腔细菌333二、大熊猫口腔真菌334三、大熊猫口腔病毒334第二节 大熊猫口腔微生物群落结构的影响因素335一、年龄因素335二、性别因素336三、饮食因素336四、环境因素336五、疾病因素336第三节 大熊猫口腔微生物与健康337一、大熊猫口腔微生物的致病作用337二、大熊猫口腔微生物的益生功能339参考文献339第十一章 大熊猫体表微生物342**节 大熊猫体表真菌研究现状342一、大熊猫体表真菌研究概况342二、真菌实验室鉴定方法342第二节 基于培养的大熊猫被毛可培养真菌346一、大熊猫体表真菌分离鉴定346二、大熊猫体表真菌形态学特征347第三节 基于高通量测序的大熊猫体表微生物菌群多样性研究371一、大熊猫体表细菌种群结构371二、大熊猫体表真菌种群结构375参考文献378第十二章 大熊猫微生物组学研究方法382**节 肠道微生物的分离培养及鉴定382一、细菌382二、放线菌383三、真菌385第二节 多组学方法分析肠道微生物391一、粪便预处理392二、基于扩增子研究微生物多样性392三、基于宏基因组学研究微生物多样性393四、宏转录组396五、宏蛋白质组397六、全基因组399第三节 微生物学特性研究方法401一、木质纤维素降解401二、益生特性402三、致病性405四、耐药性406参考文献411