单细胞组学基础

目录序前言本书使用说明**章 绪论 1**节 单细胞组学概述 1一、单细胞组学概念与研究对象 1二、单细胞组学发展历史 8第二节 单细胞组学技术优势及其应用 13一、技术优势及其覆盖领域 13二、领域应用概况 14第三节 单细胞组学展望与挑战 17一、单细胞组学发展趋势 17二、单细胞组学面临的主要挑战 18学科先锋 我的导师汤富酬 19第二章 单细胞分选与测定技术 21**节 单细胞样本制备 21一、样本类型与要求 21二、悬液制备及分选 23第二节 单细胞转录组测序文库制备与测序技术 28一、单细胞转录组测序文库制备 28二、单细胞转录组测序技术 29第三节 单细胞基因组及表观组测序技术 35一、单细胞基因组测序技术 35二、单细胞三维基因组测序技术 40三、单细胞表观组测序技术 42第四节 单细胞蛋白质组和代谢组测序技术 46一、单细胞蛋白质组测序技术 46二、单细胞代谢组测序技术 50学科先锋 我的导师David Weitz 52第三章 空间组学成像与测定技术 54**节 单细胞空间转录组学技术 54一、单细胞空间转录组学技术原理 54二、单细胞空间转录组实验流程 60第二节 其他空间组学技术 65一、空间基因组学技术 65二、空间代谢组学技术 67三、空间多组学技术 68学科先锋 超高分辨率时空组学技术Stereo-seq横空出世 73第四章 单细胞转录组数据基础分析 75**节 测序数据预处理、比对与表达定量 75一、测序数据基本分析流程 75二、条形码和UMI分析 76第二节 表达矩阵质控与优化 78一、质控 78二、标准化与归一化 83三、数据优化 85第三节 特征基因选择、降维与聚类 88一、特征基因选择 88二、降维 89三、聚类 90第四节 标记基因鉴定与细胞类型注释 90一、标记基因鉴定 90二、细胞类型注释 91学科