包邮计算生物学导论-图谱.序列和基因组-5

《生物数学丛书》序前言数学符号第0章 引言0.1 分子生物学0.2 数学，统计和计算机科学第1章 分子生物学一些知识1.1 DNA和蛋白1.1.1 双螺旋结构1.2 中心定理1.3 遗传密码1.4 转化RNA和蛋白序列1.5 基因不简单1.5.1 开始与停止1.5.2 基因表达的控制1.5.3 割裂基因1.5.4 跳跃基因1.6 生物化学问题第2章 限制图谱2.1 引言2.2 图2.3 区间图2.4 片段大小的度量问题第3章 多重图谱3.1 双消化问题3.1.1 双消化问题的多重解3.2 多重解分类3.2.1 反射性3.2.2 重叠等价3.2.3 重叠尺寸等价3.2.4 更多的图论知识3.2.5 从一条路到另一条路3.2.6 限制图谱及边界块图3.2.7 限制图谱的盒变换3.2.8 一个例子问题第4章 求解DDP的算法4.1 算法和复杂性4.2 DDP是NP完全的4.3 解DDP的方法4.3.1 整数规划4.3.2 划分问题4.3.3 TSP4.4 模拟退火法：TSP和DDP4.4.1 模拟退火法4.4.2 TSP4.4.3 DDP4.4.4 环状图谱4.5 用真实数据作图4.5.1 使数据符合图4.5.2 图谱算法问题第5章 克隆与克隆文库5.1 有限的随机克隆数5.2 完全消化的文库5.3 部分消化的文库5.3.1 可克隆基的组分5.3.2 采样、方法5.3.3 设计部分消化文库5.3.4 Poisson近似5.3.5 获得所有片段5.3.6 *大表达度5.4 每个微生物中的基因组问题第6章 物理基因组图谱：海洋、岛屿和锚6.1 用指纹制作图谱6.1.1 海洋和岛屿6.1.2 分小与控制6.1.3 两个先驱实验6.1.4 啤酒酵母6.1.5 大肠杆菌6.1.6 计算指纹模式6.2 用锚制作图谱6.2.1 海洋、岛和锚6.2.2 克隆与锚的对偶性6.3 克隆重叠的概述6.4 综合问题第7章 序列装配7.1 鸟枪测序法7.1.1 SSP是NP完全的7.1.2 贪婪算法的解至多是4倍*优解7.1.3 实践中的装配7.1.4 序列精度7.1.5 预期的进展7.2 用杂交法测序7.2.1 其他SBH设计7.3 重访鸟枪测序法问题第8章 数据库和快速序列装配8.1 DNA和蛋白序列数据库8.1.1 序列数据库文件中条款的描述8.1.2 简单序列数据文件8.1.3 统计小结8.2 序列的树表现8.3 序列的切细8.3.1 切细表8.3.2 用线性时间切细8.3.3 切细和链接8.4 序列中的重复8.5 用切细进行序列比较8.6 至多有f个失配的序列比较8.7 用统计量进行序列比较问题第9章 动态规划、两个序列比对9.1 比对的个数9.2 网络中*短和*长路9.3 全局距离比对9.3.1 插入删除函数9.3.2 依赖距离的权重9.4 全局相似比对9.5 将一个序列吻合另一个序列9.6 局部比对和丛9.6.1 自身比较9.6.2 衔接重复9.7 线性空间算法9.8 回溯9.9 倒位9.1 0图谱比对9.1 1参数序列比较9.1 1.1 一维参数集合9.1 1.2 进入二维问题第10章 多重序列比对10.1 囊性纤维化基因10.2 r维的动态规划10.2.1 减小容积10.3 加权平均序列10.3.1 比对的比对10.3.2 序列的重心10.4 轮廓分析10.4.1 统计意义10.5 通过隐Markov模型比对