差异表达基因检测数据分析研究

第1章 绪论 1.1 生物芯片概述 1.2 基因芯片简介 1.2.1 基因芯片的原理 1.2.2 基因芯片的分类 1.2.3 基因芯片的应用 1.3 差异表达基因检测统计方法 1.3.1 差异表达基因检测概述 1.3.2 传统的差异表达基因检测方法 1.3.3 其他相关的差异表达基因检测方法 1.4 变点问题的研究 1.5 变点理论应用于差异表达基因检测 1.6 微阵列基因芯片数据的网络资源介绍 1.7 基于云计算的差异表达基因检测 1.8 小结 第2章 差异表达基因检测样本子集过表达的统计方法 2.1 生物学背景 2.2 差异表达基因检测统计方法介绍 2.2.1 基于均值的差异表达基因检测方法 2.2.2 基于中值的差异表达基因检测方法 2.2.3 基于样本表达值特定百分比的差异表达基因检测方法 2.3 实验与分析 2.3.1 ROC曲线比较 2.3.2 FDR曲线比较 2.3.3 算法分析 2.4 小结 第3章 TriORT差异表达基因检测统计方法 3.1 引言 3.2 TriORT方法 3.3 实验与分析 3.3.1 仿真研究 3.3.2 真实数据研究 3.4 小结 第4章 TriMOST差异表达基因检测统计方法 4.1 引言 4.2 TriMOST方法 4.3 实验与分析 4.3.1 仿真研究 4.3.2 真实数据研究 4.4 小结 第5章 差异表达基因检测统计方法在乳腺癌数据上的应用 5.1 引言 5.2 差异表达基因检测方法 5.2.1 已有方法介绍 5.2.2 TriORT方法和TriMOST方法 5.3 实验与分析 5.3.1 ROC曲线仿真实验 5.3.2 FDR曲线仿真实验 5.3.3 真实数据集实验 5.3.4 各方法找到的与乳腺癌相关的基因分析