医学结构蛋白质组学

绪论 **节 蛋白质组学和结构生物学的概念与发展史 一、蛋白质组学的概念和发展 二、结构生物学的概念和发展 三、结构蛋白质组学的概念和科学价值 第二节 结构蛋白质组学在医学研究中的应用 一、结构蛋白质组学与疾病发生 二、结构蛋白质组学在新药设计和研发中的应用 **章 结构蛋白质组学的生物学基础 **节 从蛋白质到蛋白质组 一、蛋白质功能和分类 二、蛋白质翻译后修饰与功能 第二节 蛋白质的结构 一、蛋白质的一级结构 二、蛋白质的二级结构 三、蛋白质的三级结构 四、蛋白质的四级结构 五、蛋白质的空间结构 六、蛋白质结构和功能的关系 第三节 蛋白质在疾病发生发展中的作用 一、蛋白质翻译后修饰与疾病发生 二、蛋白质突变与疾病发生 三、蛋白质构象变化与疾病发生 第二章 蛋白质组学研究策略和技术 **节 蛋白质组分析策略 一、蛋白质组学概述 二、“自下而上”蛋白质组学研究 三、“自上而下”蛋白质组学研究 第二节 蛋白质组研究基本过程 一、临床样本的蛋白质提取 二、蛋白质分离 三、蛋白质鉴定 第三节 蛋白质组学研究基本方法 一、定量蛋白质组学 二、靶向蛋白质组学 三、修饰蛋白质组学 四、化学蛋白质组学 第三章 结构生物学研究基础和方法 **节 蛋白质三维结构与功能 一、蛋白质一级结构决定其三维结构 二、蛋白质三维结构决定其功能 第二节 X射线晶体学 一、X射线晶体学概述 二、X射线晶体学技术的一般步骤 第三节 磁共振方法 一、磁共振方法概述 二、多维磁共振方法的一般步骤 第四节 冷冻电镜三维重构技术 一、冷冻电镜三维重构技术概述 二、冷冻电镜三维重构技术一般步骤 第五节 人工智能预测蛋白质结构 一、A1phaFold 2蛋白质结构预测 二、RoseTTAFo1d蛋白质结构预测 三、人工智能生物大分子结构预测未来的发展趋势 第六节 蛋白质相互作用的研究方法 一、结构生物学技术测定蛋白质相互作用 二、其他常用的检测蛋白质相互作用技术 第四章 肿瘤标志物研究 **节 肿瘤标志物概述 一、肿瘤标志物的定义和主要特征 二、肿瘤标志物的分类 第二节 肿瘤标志物筛选 一、基因组学在肿瘤标志物发现中的应用 二、转录组学在肿瘤标志物发现中的应用 三、蛋白质组学在肿瘤标志物发现中的应用 四、代谢组学在肿瘤标志物发现中的应用 第三节 肿瘤标志物的临床应用 一、肿瘤的早期诊断、鉴别、分类、分期和定位 二、治疗过程的监测 三、疗效和预后判断 四、肿瘤普查与高危人群筛选 五、多种肿瘤标志物联合应用 第五章 基于蛋白质组学的癌变分子机制 **节 肿瘤差异蛋白质组学 一、基于差异蛋白质的肿瘤分子机制 二、基于蛋白质组特征表达谱的肿瘤分子分型 第二节 癌变多阶段蛋白质组学 一、肺癌多阶段蛋白质组学 二、结直肠癌多阶段蛋白质组学 第三节 肿瘤微环境蛋白质组学 一、肿瘤间质蛋白质组学 二、肿瘤免疫细胞蛋白质组学 三、肿瘤血管新生蛋白质组学 四、肿瘤外泌体蛋白质组学 第六章 蛋白质三维结构与肿瘤发生 **节 突变体蛋白与肿瘤发生 一、概述 二、癌基因活化与肿瘤发生的结构基础 三、抑癌基因失活与肿瘤发生的结构基础 第二节 蛋白质构象改变与疾病 一、蛋白质构象与构象病 二、触发蛋白质构象变化的相关机制 三、常见构象病 四、p53蛋白异常与肿瘤发生 第七章 代谢相关蛋白质与肿瘤发生 **节 肿瘤细胞的代谢特点 一、营养获取途径的投机性 二、葡萄糖和氨基酸摄取失控 三、糖酵解和三羧酸循环代谢失控 四、氮源需求增加与氨基酸代谢异常 五、代谢物驱动的基因调控异常 六、肿瘤代谢和微环境相互作用 七、其他营养物的代谢特点 第二节 肿瘤代谢的异常调控 一、代谢酶基因突变 二、PI3K／AKT／mTOR与代谢调控 三、HIF-1与代谢调控 四、MYC与代谢调控 五、P53与代谢调控 六、RAS、SRC与代谢调控 第三节 肿瘤演进中的代谢重编程 一、癌前病变中的代谢 二、浸润癌中的代谢 三、转移癌中的代谢 第四节 肿瘤代谢的临床应用 一、靶向突变的代谢酶基因 二、靶向共扩增或共缺失的代谢基因 三、靶向代谢通路 四、在肿瘤代谢异质性中寻找治疗靶点 第八章 分子伴侣与肿瘤 **节 分子伴侣的种类和生物学特性 一、核质蛋白家族 二、热休克蛋白家族 三、伴侣素家族 四、DNA分子伴侣 第二节 肿瘤中的分子伴侣 一、分子伴侣在肿瘤中的异常表达 二、分子伴侣