基于高通量测序的基因组分析

**章Linux系统安装 Linux系统很多，我使用的是Ubuntu　Linux系统，可以从网站下载。这个Linux系统已经提前安装了多类编译程序，省去很多烦琐的安装过程。登录到网站界面后，下载其中的“osgeolive-13.0-amd64.iso”文件（图1），这是Linux单机版本。如果想安装虚拟机版本，可下载“osgeolive-13.0-amd64.vmdk.7z”文件。本书介绍的是单机版本的安装。 图1“OSGeoLive-13.0”版本Linux系统下载 准备一个容量大于8Gb的空U盘，利用Rufus工具把下载的“osgeolive-13.0-amd64.iso”写入到U盘中，做成U盘启动盘（图2~图8）。请注意，这些是在Windows操作系统下完成的。 图2Linux系统安装 图3利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—1图中数字1、2、3代表选择或执行步骤。如后图中出现类似数字，意思相同，不再提示 图4利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—2 图5利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—3 图6利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—4 图7利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—5 图8利用Rufus程序把Linux系统写入U盘—6 安装完成后，重新从U盘启动计算机。需要注意的是启动U盘时，不要选择UEFI模式启动。如图9所示，我的U盘名字是“AIMass　Storage”（读者的U盘和我的名字会不同），在选择U盘启动时，不要选择“UEFI：AIMass　Storage，Partition1”模式，因为安装过程可能报错。成功启动后，会出现对话框询问安装的语言，利用键盘的上下左右键进行选择，读者可按照自己的要求选择语言；之后出现对话框询问是否安装Lubuntu系统，选择“安装Lubuntu”；然后出现选择语言和键盘布局的界面；此后出现“更新和其他软件”对话框，选择“正常安装”、“安装OSGeoLive时下载更新”和“为图形或无线硬件，以及其他媒体格式安装第三方软件”；出现“安装类型”，选择“清除整个磁盘并安装OSGeolive”；*后出现对话框，点击“选择磁盘”，移动上下键，选择合适的磁盘进行Linux系统的安装，注意这一安装过程会删除被安装磁盘内的文件，所以务必选择正确的磁盘并做好备份。建议买一个容量大一些的硬盘用于系统安装。之后按照提示继续下面的安装操作，包括输入用户名和密码，这里不再一一细述。 图9安装Linux系统的U盘启动 在本书撰写期间，OSGeoLive版本更新到了14.0，读者可以下载该版本进行安装，安装过程大致和13.0版本相同。步骤如下：首先选择“中文（简体）”后回车；出现下一个界面时选择“StartOSGeoLive”，回车；出现OSGeoLive-14.0的操作界面（类似Windows操作界面），选择里面标有“InstallOSGeoLive14.0”的图标；之后出现选择安装字体的选项，可选择中文，然后点击“下一步”，选择时区，可选择“Asia”和“Shanghai”等，点击“下一步”，选择键盘语言，点击“下一步”，选择正确的磁盘，再选择“抹除磁盘”的选项，之后的安装按照提示 进行就可以。 第二章Linux基本命令 Linux常用命令包括：cd、ls、cat、paste、cut、grep、sort、uniq、sed、head、tail。现以“OSGeoLive-13.0”版本界面为例（图10），“OSGeoLive-14.0”版本和“OSGeoLive-13.0”版本界面基本一致（图11）。 安装完成后，就可以启动进入Linux界面（图10），基本和Windows界面一致。打开文件夹界面后（图12），如果觉得小图标界面不合适，对于“OSGeoLive-13.0”版本，可依次点击文件夹界面中的“视图”、“文件夹查看方式”和“紧缩视图”；对于“OSGeoLive-14.0”版本，可依次点击“查看”、“查看”和“列表视图”，就可以得到列表视图。文件夹的*大化、*小化，文件的操作，包括文件复制、粘贴等和Windows一致，不再赘述。 图10“OSGeoLive-13.0”版本Linux启动后界面