生物物理学——能量、信息、生命(第二版)

致学生 １
致指导教师 ６
第Ⅰ部分 谜、隐喻及模型
第１章 预备知识 ３
§１．１ 热 ３
１．１．１ 热是一种能量形式 ３
１．１．２ 热概念简史 ５
１．１．３ 预览：自由能的概念 ７
§１．２ 生命如何产生有序 ９
１．２．１ 生物有序之谜 ９
１．２．２ 自由能转换的范例：渗透流 １１
１．２．３ 预览：作为信息的无序 １３
§１．３ 题外话：广告、哲学与语用学 １４
§１．４ 如何在考试中表现得更好（以及如何发现新的物理定律） １６
１．４．１ 多数物理量带有量纲 １６
１．４．２ 量纲分析可以帮助你捕捉错误和回忆定义 １８
１．４．３ 量纲分析还可以帮助你构想假说 １９
１．４．４ 单位和作图法 ２０
１．４．５ 涉及通量和密度的一些符号约定 ２１
§１．５ 物理和化学中的其他关键思想 ２１
１．５．１ 分子是很小的 ２１
１．５．２ 分子是原子的特定空间排布 ２３
１．５．３ 分子有明确定义的内能 ２４
１．５．４ 低密度气体遵从一条普适定律 ２５
小结 ２６
拓展 ２８
习题 ２９
第２章 细胞内部结构一览 ３３
§２．１ 细胞生理学 ３５
２．１．１ 内部大体解剖 ３７
２．１．２ 外部大体解剖 ４０
§２．２ 分子类别清单 ４２
２．２．１ 小分子 ４２
２．２．２ 中等大小的分子 ４４
２．２．３ 大分子 ４５
２．２．４ 大分子组装体 ４８
§２．３ 跨越鸿沟：分子器件 ５０
２．３．１ 质膜 ５０
２．３．２ 分子马达 ５１
２．３．３ 酶和调节蛋白 ５２
２．３．４ 细胞内的总信息流 ５３
小结 ５５
拓展 ５７
习题 ５８
第Ⅱ部分 扩散、耗散及驱动
第３章 分子的舞蹈 ６３
§３．１ 生活中的概率 ６３
３．１．１ 离散分布 ６４
３．１．２ 连续分布 ６４
３．１．３ 平均值和方差 ６７
３．１．４ 加法原理与乘法原理 ６８
§３．２ 理想气体定律解密 ７１
３．２．１ 温度反映了热运动的平均动能 ７１
３．２．２ 分子速度的总体分布是实验可测的 ７５
３．２．３ 玻尔兹曼分布 ７５
３．２．４ 活化势垒控制反应速率 ７８
３．２．５ 趋向平衡的弛豫 ７９
§３．３ 题外话：遗传现象的启示 ８１
３．３．１ 亚里士多德介入争论 ８１
３．３．２ 鉴定遗传信息的物质载体 ８１
３．３．３ 薛定谔的总结：遗传信息有对应的物质结构 ８７
小结 ９１
拓展 ９３
习题 ９４
第４章 无规行走、摩擦与扩散 ９８
§４．１ 布朗运动 ９９
４．１．１ 布朗运动简史 ９９
４．１．２ 无规行走导致扩散 １００
４．１．３ 扩散定律与模型无关 １０５
４．１．４ 摩擦与扩散之间存在定量联系 １０７
§４．２ 题外话：爱因斯坦所扮演的角色 １０９
§４．３ 其他无规行走 １１０
４．３．１ 高分子构象 １１０
４．３．２ 展望：华尔街里的无规行走 １１４
§４．４ 关于扩散的更多知识 １１５
４．４．１ 扩散支配着亚细胞世界 １１５
４．４．２ 扩散行为可用简单方程刻画 １１６
４．４．３ 随机过程的精确统计预测 １１９
§４．５ 函数、导数与“地毯下的蛇” １１９
４．５．１ 函数能描绘定量关系的细节 １１９
４．５．２ 两变量函数可用地形图直观显示 １２１
§４．６ 扩散概念用于考察生物学 １２２
４．６．１ 人造膜的通透性源于扩散 １２２
４．６．２ 扩散为细菌代谢设定了一个基本限制 １２４
４．６．３ 能斯特关系设定了膜电势的量级 １２５
４．６．４ 溶液电阻反映了摩擦耗散 １２８
４．６．５ 从单点开始的扩散产生不断延展的高斯型浓度分布 １２８
小结 １３０
拓展 １３３
习题 １３９
第５章 慢航道中的生命：小雷诺数世界 １４８
§５．１ 流体中的摩擦 １４８
５．１．１ 足够小的粒子能够永久悬浮 １４８
５．１．２ 沉降速率取决于溶剂黏度 １５０
５．１．３ 黏性液体难以混合 １５１
§５．２ 小雷诺数 １５３
５．２．１ 摩擦支配的范围由临界力界定 １５３
５．２．２ 摩擦和惯性的相对重要程度由雷诺数定量刻画 １５６
５．２．３ 动力学定律的时间反演特征反映了它的耗散性 １５８
§５．３ 对生物学的考察 １６１
５．３．１ 泳动与泵动 １６１
５．３．２ 搅动或是不搅动 １６５
５．３．３ 觅食、攻击与逃生 １６６
５．３．４ 脉管网络 １６７
５．３．５ ＤＮＡ复制叉上的黏性阻力 １６９
§５．４ 题外话：物理定律的特性 １７１
小结 １７２
拓展 １７４
习题 １７７
第６章 熵、温度与自由能 １８４
§６．１ 如何度量无序 １８４
§６．２ 熵 １８７
６．２．１ 统计假说 １８７
６．２．２ 熵是一个常量与*大无序度的乘积 １８９
§６．３ 温度 １９０
６．３．１ 热流是系统趋于*大无序的后果 １９０
６．３．２ 温度是系统平衡态的统计性质 １９２
§６．４ 热力学第二定律 １９４
６．４．１ 约束去除时熵自发增加 １９４
６．４．２ 三条注释 １９７
§６．５ 开放系统 １９８
６．５．１ 子系统的自由能反映了熵和能量的竞争 １９８
６．５．２ 熵力可以表达为自由能的导数 ２００
６．５．３ 在小的受控步骤中自由能转换效率更高 ２０１
６．５．４ 作为热机的生物圈 ２０３
§６．６ 微观系统 ２０４
６．６．１ 由统计假说可得到玻尔兹曼分布 ２０４
６．６．２ 玻尔兹曼分布的动力学解释 ２０６
６．６．３ *小自由能原则也适用于微观子系统 ２０９
６．６．４ 自由能决定复杂二态系统的能态分布 ２１０
§６．７ 题外话：“作为二态系统的ＲＮＡ折叠” ２１１
小结 ２１４
拓展 ２１７
习题 ２２３
第７章 细胞内的熵力 ２３０
§７．１ 熵力的微观解释 ２３０
７．１．１ 定容方法 ２３１
７．１．２ 定压方法 ２３１
§７．２ 渗透压 ２３３
７．２．１ 平衡渗透压遵循理想气体定律 ２３３
７．２．２ 渗透压使大分子之间产生排空力 ２３５
§７．３ 超越平衡：渗透流 ２３８
７．３．１ 对布朗运动“整流”导致渗透力的产生 ２３８
７．３．２ 渗透流与力致渗透定量相关 ２４２
§７．４ 溶液中的静电力 ２４３
７．４．１ 静电作用对细胞的正常功能至关重要 ２４３
７．４．２ 高斯定律 ２４６
７．４．３ 带电表面外包围着可与之中和的离子云 ２４７
７．４．４ 同荷表面相斥源于所携离子云的压缩 ２５１
７．４．５ 平衡离子释放导致异荷表面相吸 ２５４
§７．５ 水的特殊性质 ２５４
７．５．１ 液态水含有松散的氢键网络 ２５４
７．５．２ 氢键网络影响小分子在水中的可溶性 ２５７
７．５．３ 水使非极性物体之间产生熵吸引 ２６０
小结 ２６１
拓展 ２６３
习题 ２６９
第８章 化学力和自组装 ２７６
§８．１ 化学势 ２７６
８．１．１ μ描述粒子的可获得性 ２７６
８．１．２ 玻尔兹曼分布可推广到含粒子交换的情况 ２７９
§８．２ 化学反应 ２８０
８．２．１ 化学力均衡导致化学平衡 ２８０
８．２．２ Δ犌可作为化学反应方向的统一判据 ２８２
８．２．３ 复杂平衡的动力学解释 ２８６
８．２．４ 原生汤处于化学失衡状态 ２８７
§８．３ 解离 ２８７
８．３．１ 离子键和部分离子键容易在水中解离 ２８８
８．３．２ 酸和碱的强度反映其解离平衡常数 ２８８
８．３．３ 蛋白质带电状态随环境改变 ２９０
８．３．４ 电泳可灵敏地测量蛋白质组成 ２９１
§８．４ 两亲分子的自组装 ２９３
８．４．１ 两亲分子降低水 油界面的张力从而形成乳状液 ２９３
８．４．２ 临界浓度时发生的胶束自组装 ２９５
§８．５ 题外话：关于数据拟合 ２９８
§８．６ 细胞内的自组装 ２９９
８．６．１ 双层膜可由双尾两亲分子自组装而成 ２９９
８．６．２ 展望：大分子的折叠和聚集 ３０３
８．６．３ 厨房之旅 ３０５
小结 ３０７
拓展 ３０９
习题 ３１１
第Ⅲ部分 分子、机器、工作机制
第９章 大分子的协同变构 ３１７
§９．１ 高分子的弹性模型 ３１７
９．１．１ 为什么物理学能有效描述物质世界 ３１８
９．１．２ 细长杆的弹性可用四个唯象参量刻画 ３２０
９．１．３ 高分子以熵力抵抗拉伸 ３２２
§９．２ 单个大分子的拉伸 ３２５
９．２．１ ＤＮＡ单分子的力 伸长曲线可以测定 ３２５
９．２．２ 二态模型可定性解释小拉伸力情况下ＤＮＡ的行为 ３２６
§９．３ 本征值速成 ３２８
９．３．１ 矩阵和本征值 ３２８
９．３．２ 矩阵乘法 ３３１
§９．４ 协同性 ３３２
９．４．１ 转移矩阵方法可以准确处理弯曲协同性 ３３２
９．４．２ 在中等大小外力作用下ＤＮＡ分子展示出线性拉伸弹性 ３３５
９．４．３ 在高维系统中协同作用可导致无限急遽的相变 ３３５
§９．５ 热、化学或力过程中的开关行为 ３３６
９．５．１ 螺旋 线团转变可以用偏振光观察 ３３７
９．５．２ 螺旋 线团转变可用三个唯象参量描述 ３３９
９．５．３ 螺旋 线团转变中相关量的计算 ３４１
９．５．４ ＤＮＡ也呈现出协同“熔化” ３４５
９．５．５ 机械外力可以诱导大分子发生协同结构转变 ３４６
§９．６ 别构效应 ３４７
９．６．１ 血红蛋白与四个氧分子协同结合 ３４７
９．６．２ 别构效应常涉及分子亚基的相对运动 ３４９
９．６．３ 蛋白分子的“天然态”是大量子态的连续分布 ３５０
小结 ３５２
拓展 ３５４
习题 ３６４
第１０章 酶与分子机器 ３７０
§１０．１ 细胞内分子器件概述 ３７１
１０．１．１ 术语 ３７１
１０．１．２ 酶的饱和动力学 ３７１
１０．１．３ 真核细胞都拥有循环马达 ３７２
１０．１．４ 耗尽型机器参与细胞移动和结构排布 ３７５
§１０．２ 纯力学机器 ３７７
１０．２．１ 宏观机器可由能量面描述 ３７７
１０．２．２ 微观机器能跨越势垒 ３８０
１０．２．３ 应用斯莫卢霍夫斯基方程计算微观机器的工作速率 ３８２
§１０．３ 力学原理的分子实现 ３８８
１０．３．１ 三个观点 ３８８
１０．３．２ 反应坐标为化学过程提供了方便简化的描述 ３８９
１０．３．３ 酶与过渡态结合从而催化反应 ３９１
１０．３．４ 力学化学马达的运动可视为二维能量面上的无规行走 ３９５
§１０．４ 真实酶及分子机器的动力学 ３９６
１０．４．１ 米 曼规则可描述简单酶的动力学 ３９７
１０．４．２ 酶活性的调节 ４００
１０．４．３ 双头驱动蛋白可作为紧耦联的理想棘轮 ４００
１０．４．４ 分子马达在无紧耦联或发力冲程的情况下仍能移动 ４０８
§１０．５ 展望：分子马达种种 ４１３
小结 ４１４
拓展 ４１７
习题 ４２４
第１１章 嵌膜机器 ４３４
§１１．１ 电渗效应 ４３４
１１．１．１ “古老”的历史 ４３４
１１．１．２ 离子浓度差产生能斯特势 ４３５
１１．１．３ 唐南平衡产生静息膜电位 ４３８
§１１．２ 离子泵送 ４４０
１１．２．１ 真核细胞膜电位的观测值暗示这些细胞远离唐南平衡 ４４０
１１．２．２ 欧姆电导假设 ４４２
１１．２．３ 主动泵送既维持了定态膜电位又避免了巨大渗透压 ４４４
§１１．３ 作为工厂的线粒体 ４４８
１１．３．１ 母线和传动轴将能量分配到工厂各处 ４４９
１１．３．２ 呼吸作用相关的生化知识 ４５０
１１．３．３ 线粒体内膜在化学渗透机制中用作汇流母线 ４５２
１１．３．４ 化学渗透机制的验证 ４５４
１１．３．５ 展望：细胞在其他场合下也利用化学渗透耦联 ４５７
§１１．４ 题外话：“给鞭毛马达加电” ４５８
小结 ４５９
拓展 ４６１
习题 ４６３
第１２章 神经冲动 ４６７
§１２．１ 关于神经冲动的问题 ４６８
１２．１．１ 动作电位的现象学 ４６８
１２．１．２ 细胞膜可视为电路网络 ４７１
１２．１．３ 从膜的欧姆电导行为到无行波解的线性电缆方程 ４７５
§１２．２ 动作电位的简化模型 ４７９
１２．２．１ 难题 ４７９
１２．２．２ 力学类比 ４７９
１２．２．３ 动作电位简史 ４８１
１２．２．４ 动作电位随时间变化的过程提示了电压门控假说 ４８３
１２．２．５ 从电压门控机制到具有行波解的电缆方程 ４８７
§１２．３ 霍奇金 赫胥黎机制的完整形式及其分子基础 ４９１
１２．３．１ 不同离子电导在膜电位改变时各自遵循一个特征时间过程 ４９１
１２．３．２ 膜片钳技术可用于研究单离子通道行为 ４９４
§１２．４ 神经、肌肉与突触 ５０１
１２．４．１ 神经细胞被狭窄的突触隔开 ５０２
１２．４．２ 神经肌肉接头 ５０３
１２．４．３ 展望：神经系统的计算 ５０４
小结 ５０５
拓展 ５０８
习题 ５０９
致谢 ５１４
后记 ５１７
译后记 ５１８
附录犃 符号及单位 ５２０
附录犅 数值 ５２８
引用说明 ５３３
参考文献 ５３６
索引 ５５１