代谢途径设计:实用指南

Ⅰ 代谢途径建模 1 走上工程生物学之路 1.1 用于工业生物制造的合成生物学平台 1.2 设计-构建-测试-学习的自动化循环 1.3 工业生物过程的放大与缩小 1.4 灵活的自动化生物设计、云实验室和人工智能 1.5 生物铸造的代谢途径设计 参考文献 2 基因组规模建模 2.1 系统生物学模型 2.2 从组学到大数据的模型重建 2.3 基于约束方法的模型仿真 2.4 流量分析的 应用 2.5 问题 参考文献 3 途径建模 3.1 途径稳态和动力学 3.2 质量作用定律 3.3 酶动力学建模 3.4 转录和翻译控制建模 3.5 途径动力学建模 3.6 问题 参考文献 4 化学多样性建模 4.1 理解酶创新的机制 4.2 基于信息编码化学反应 4.3 酶杂泛性建模 4.4 计算化学多样性 4.5 问题 参考文献 Ⅱ 代谢途径开发 5 酶的发现和选择 5.1 通过序列同源性发现酶 5.2 通过反应同源性发现酶 5.3 可扩展的代谢空间中的酶发现 5.4 问题 参考文献 6 途径发现 6.1 定义化学目标 6.2 代谢范围的逆合成分析 6.3 问题 参考文献 7 途径选择 7.1 途径计数 7.2 途径排序 7.3 问题 参考文献 Ⅲ 代谢途径设计 8 途径设计 8.1 选择途径中的功能基因