环形RNA的生物信息计算与应用研究

第1章绪论001
1.1环形RNA概述003
1.2环形RNA的生物学功能005
1.3环形RNA的识别计算010
1.4环形RNA内部结构的探索及定量估计研究013 第2章环形RNA全长转录本序列组装的计算研究019
2.1引言021
2.2基于EMPC算法的环形RNA全长转录本序列重构方法022
2.2.1基于参考基因组的转录本组装022
2.2.2环形RNA全长转录本序列组装024
2.3模拟数据验证027
2.3.1环形转录组测序模拟数据生成工具027
2.3.2模拟数据集030
2.3.3算法性能评估031
2.3.4环形RNA转录本重构的复杂性分析032
2.4实验验证034
2.4.1小鼠睾丸环形RNA测序数据的准备034
2.4.2小鼠睾丸环形RNA组装结果035
2.4.3用RT-PCR和Sanger测序对组装结果进行验证038
2.4.4算法对真实数据的重构效率分析051
2.5与现有算法的比较054
2.6小结058 第3章环形RNA转录本定量计算研究061
3.1引言063
3.2基于EM算法的环形RNA转录本定量计算方法064
3.3模拟数据验证068
3.3.1模拟数据集068
3.3.2算法性能评估069
3.4实验验证072
3.5与现有算法的比较075
3.6人细胞系、小鼠睾丸和原鸡肌肉中环形RNA的表达与分析076
3.7小结080 第4章小鼠睾丸和卵巢中环形RNA全长转录本表达谱分析083
4.1引言085
4.2材料和方法088
4.2.1样本数据集的制备088
4.2.2环形RNA全长转录本序列组装和定量分析089
4.2.3环形RNA可变剪接体的差异表达分析090
4.2.4功能富集分析090
4.2.5circRNA-miRNA-mRNA调控网络构建090
4.3结果091
4.3.1小鼠睾丸和卵巢组织中环形转录本的概貌091
4.3.2小鼠睾丸和卵巢组织中环形转录本的表达特征099
4.3.3对差异表达环形转录本的分析103
4.3.4circRNA-miRNA-mRNA相互作用调控网络111
4.4小结113 第5章人脑胶质瘤样本中环形RNA全长转录本表达谱分析115
5.1引言117
5.2材料和方法119
5.2.1样本数据集119
5.2.2环形RNA转录本序列重构和定量分析119
5.2.3差异表达环形RNA转录本的鉴定120
5.2.4GO功能富集和KEGG信号通路分析120
5.2.5miRNA预测和ceRNA网络构建120
5.3结果121
5.3.1人脑胶质瘤样本中环形转录本的概貌121
5.3.2对照样本和疾病样本中环形转录本的特征125
5.3.3环形转录本差异表达分析130
5.3.4circRNA介导的ceRNA网络137
5.4小结139 附录142
附录1缩略语142
附录2小鼠睾丸组织环形RNA内部新的可变剪接事件144
附录3RT-PCR实验所用引物信息149
附录4人类HeLa细胞系中环形RNA内部新的可变剪接事件154
附录5人类HEK293细胞系中环形RNA内部新的可变剪接事件158
附录6人类Hs68细胞系中环形RNA内部新的可变剪接事件160
附录7原鸡肌肉组织中环形RNA内部新的可变剪接事件163 参考文献164