动植物育种遗传数据分析

目录 第1章 ASReml软件介绍 1 1.1 摘要 1 1.2 为何选用ASReml？ 1 1.3 ASReml分析流程 2 1.4 ConTEXT编辑器的设置 2 1.5 ASReml入门 4 1.6 运行ASReml程序 15 1.7 ASReml输出文件 16 1.8 制表 23 1.9 预测 24 1.10 单一程序多个模型 25 1.11 方差分量的线性组合 31 第2章 线性混合模型概述 34 2.1 摘要 34 2.2 混合模型与传统方差分析的比较 34 2.3 不平衡数据 45 2.4 混合模型概述 49 2.5 多个固定效应的模型可估性 57 2.6 估计的标准误差和准确性 59 2.7 REML法简介 60 第3章 ASReml方差建模 62 3.1 摘要 62 3.2 方差模型规则 62 3.3 初始值 75 第4章 育种值 79 4.1 摘要 79 4.2 家系选择 79 4.3 理论方差分量和相似性 80 4.4 GCA(家系)模型 84 4.5 使用GCA模型分析半同胞子代数据 85 4.6 个体(动物)模型 92 4.7 在模型中考虑遗传组效应 102 4.8 自交对方差分量的影响 106 第5章 遗传值 108 5.1 摘要 108 5.2 特殊配合力和遗传值 108 5.3 双列杂交设计 109 5.4 因子交配设计 121 5.5 无性系子代测定的数据分析 123 第6章 多变量模型 128 6.1 摘要 128 6.2 简介 128 6.3 基础理论 129 6.4 玉米RIL多变量模型 132 6.5 个体模型的多变量分析 150 第7章 空间分析 157 7.1 摘要 157 7.2 基础理论 157 7.3 空间效应建模 157 7.4 田间试验的空间分析示例 162 7.5 空间模型的遗传力 170 第8章 多环境试验分析 175 8.1 摘要 175 8.2 简介 175 8.3 统计模型 177 8.4 松树混合授粉MET数据分析示例 183 8.5 FA模型的遗传预测 197 8.6 FA模型的遗传力和可靠性的估算 201 第9章 标记数据的探索性分析 210 9.1 摘要 210 9.2 标记数据和一些概念 210 9.3 处理标记数据的软件和工具 216 9.4 数据汇总和可视化 225 第10章 缺失基因型的填补 229 10.1 摘要 229 10.2 简介 229 10.3 填补的理念 230 10.4 免谱系的填补 232 10.5 利用高密度基因分型的参考模板对低密度基因分型的个体进行填补 233 10.6 无参考模板的填补 239 10.7 用Synbreed包进行填补 241 第11章 基因组关系与GBLUP 243 11.1 摘要 243 11.2 现实基因组关系 243 11.3 基因组BLUP 254 11.4 交叉验证 265 11.5 混合遗传关系 277 第12章 基因组选择 282 12.1 摘要 282 12.2 基因组预测的回归模型 282 12.3 BGLR包的贝叶斯回归实例 288 参考文献 306