非编码RNA的功能与预测:剪切后内含子潜在的生物学功能

序 **章 绪论 1.1 研究背景 1.2 真核基因的内含子特征 1.2.1 AG-GT型内含子的特征 1.2.2 AT-AC型内含子的特征 1.3 内含子的进化 1.3.1 内含子的起源 1.3.2 内含子的获得与丢失 1.4 内含子的功能 1.4.1 内含子的生物学功能 1.4.2 内含子对mRNA的代谢功能 1.5 剪接体内含子促进逆境下细胞生存 1.6 ncRNA调控基因表达的功能 1.6.1 siRNA 1.6.2 microRNA (miRNA) 1.6.3 piRNA 1.6.4 长非编码RNA 1.6.5 环状RNA 1.6.6 剪切后内含子 第二章 研究方法 2.1 全局比对 2.2 mRNA折叠 2.3 碱基匹配局域比对方法 2.4 结合自由能加权局域比对方法 2.5 新对称相对熵局域进化关联方法 2.6 区域匹配频率分布统计方法 2.7 信息熵分析 2.8 对照序列构建方法 第三章 线虫核糖核蛋白基因内含子与其相应编码序列的相互作用 3.1 数据库 3.2 三类内含子序列上的 匹配频率分布 3.2.1 三类内含子序列上与编码序列的 匹配频率分布 3.2.2 三类内含子序列上与相应外显子序列的 匹配频率分布 3.3 长、短内含子序列上的 匹配频率分布 3.4 编码序列上与相应的内含子序列的 匹配频率分布 3.5 长、短内含子的序列特征 3.6 结果与讨论 3.6.1 结果 3.6.2 讨论 第四章 低等真核生物核糖核蛋白基因内含子与相应编码序列的 相互作用 4.1 数据库 4.2 内含子的 匹配频率分布 4.2.1 不同内含子位置的 匹配频率分布 4.2.2 长、短内含子的 匹配频率分布 4.2.3 酵母内含子的 匹配频率分布 4.3 编码序列的 匹配频率分布 4.4 外显子连接处的 匹配频率分布 4.5 序列特征分析 4.5.1 内含子 匹配片段的序列特征 4.5.2 内含子 匹配区域的序列特征 4.6 结果与讨论 4.6.1 剪接后内含子在基因表达中可能的功能 4.6.2 蛋白因子结合位点的预测 4.6.3 弱相互作用 第五章 线虫外显子和内含子之间的序列匹配偏好与日C结合区域的关系 5.1 数据集 5.2 匹配片段的序列特征和结构 5.2.1 匹配片段的序列特征 5.2.2 匹配片段的序列结构 5.3 匹配区域对外显子连接序列F值的影响 5.3.1 匹配区域的GC含量对外显子连接序列F值的影响 5.3.2 匹配区域CG二核苷酸对外显子连接序列F值的影响 5.3.3 匹配区域参数Am对外显子连接序列F值的影响 5.4 对比所有内含子 5.5 结果与讨论 5.5.1 EJC结合区域 5.5.2 竞争和协作机制 第六章 线虫全基因组内含子与其相应编码序列的相互作用 6.1 数据集 6.2 成熟-mRNA序列上相对匹配频率的分布 6.3 功能位点区域上相对匹配频率的分布 6.3.1 AUG区域和UAA区域的匹配频率分布 6.3.2 EE区域的匹配频率分布 6.4 匹配片段的序列特征 6.4.1 配对率和长度分布 6.4.2 G+C含量和D2值 6.5 其他内含子序列与成熟mRNA序列的匹配频率分布 6.6 结论 第七章 基于结合自由能加权局域比对和新对称相对熵的进化关联 比对分析内含子与相应mRNA序列的相互作用关系 7.1 成熟mRNA序列上匹配和相对进化关联频率的分布 7.2 功能位点区域相对匹配和进化关联频率的分布 7.2.1 AUG区域和UAA区域的频率分布 7.2.2 EE区域的相对进化关联频率分布 7.3 匹配和进化关联片段的序列特征 7.3.1 长度和G+C含量分布 7.3.2 碱基关联分析 7.4 结论 第八章 内含子长度进化机制 8.1 数据集 8.2 内含子序列上 匹配频率分布 8.3 内含子序列的进化 8.4 内含子结构特征 8.5 内含子长度进化机制 8.6 结果与讨诊 第九章 核糖核蛋白基因mRNA序列与相应内含子的序列匹配偏好 9.1 数据集 9.2 mRNA序列上 匹配频率分布 9.3 编码序列上 匹配频率分布 9.3.1 编码序列的 匹配频率分布 9.3.2 翻译起始区域的 匹配频率分布 9.3.3 翻译终止区域的 匹配频率分布 9.3.4 外显子连接处的 匹配频率分布 9.4 结果与讨论 第十章 内含子与其相应mRNA序列相互作用的普适性分析 10.1 数据集 10.2 mRNA的 匹配频率分布 10.3 功能位点附近的 匹配频率分布 10.3.1 翻译起始位点的 匹配频率分布 10.3.2 翻译终止位点的 匹配频率分布 10.3.3 外显子连接处的 匹配频率分布 10.3.4 外显子连接处的 匹配频率分布 10.3.5 中间外显子连接处的 匹配频率分布 10.4 内含子 匹配片段的序列特征 10.4.1 配对率和长度分布 10.4.2 GC含量和D2值 10.5 结果与讨论 第十一章 总结与展望 11.1 工作