防御生物攻击(第Ⅱ卷)

目录 第1章嗜神经病毒1 1.1引言1 1.2虫媒病毒2 1.2.1甲病毒2 1.2.2黄病毒6 1.2.3亨尼帕病毒11 1.2.4狂犬病毒属13 1.3小结15 参考文献16 第2章人类病毒性出血热概述22 2.1引言22 2.1.1沙粒病毒科31 2.1.2布尼亚病毒33 2.1.3丝状病毒科35 2.1.4黄病毒科35 2.2生物防御注意事项37 参考文献40 第3章天花病毒：临床症状、分子生物学以及生物恐怖主义前景56 3.1引言56 3.2生物战和生物恐怖主义问题57 3.3病毒学59 3.3.1分类59 3.3.2形态59 3.3.3基因组59 3.3.4生命周期60 3.3.5生命周期：穿入60 3.3.6生命周期：早期基因表达62 3.3.7生命周期：DNA复制62 3.3.8生命周期：中晚期基因表达、形态发生和传播63 3.4天花临床症状63 3.4.1重型天花的临床分类64 3.4.2轻型天花的临床分类66 3.5天花的致病机制66 3.5.1病毒侵入和感染67 3.5.2病毒传播67 3.5.3临床和解剖病理学68 3.5.4天花在动物体内的致病机制69 3.6诊断72 3.6.1临床诊断72 3.6.2实验室诊断73 3.7预防73 3.7.1**代疫苗 74 3.7.2第二代疫苗76 3.7.3第三代疫苗78 3.7.4第四代疫苗79 3.7.5口服和灭活疫苗80 3.7.6全球天花疫苗储备 81 3.8治疗82 3.8.1概述82 3.8.2被动免疫82 3.8.3DNA合成抑制剂82 3.8.4病毒成熟抑制药83 3.8.5病毒释放抑制剂83 3.8.6宿主定向药物以及其他药物83 3.8.7预防和治疗：未来方向84 3.9总结/结论84 参考文献86 第4章病毒治疗学104 4.1引言104 4.2核酸合成的抑制剂106 4.3*近批准药物和用于预防可能造成严重后果的病毒感染临时使用药物 108 4.4病毒附着宿主细胞膜和膜受体抑制物与细胞进入抑制物109 4.5RNA沉默与反义寡聚物治疗110 4.6磷酸二酯吗啉低聚物（PMO）111 4.7针对出血性疾病成分111 4.8免疫疗法111 4.9未来发展方向112 参考文献113 第5章炭疽芽孢杆菌生物威胁剂的挑战117 5.1引言117 5.2诊断（临床）120 5.3治疗 122 5.4流行病学和环境诊断学125 5.5洗消和风险评估128 5.6法医学 130 5.7媒体与公共关系132 5.8物质133 5.9结论134 参考文献136 第6章布鲁氏菌：潜在的生物威胁因子141 6.1引言141 6.2微生物学特征142 6.3布鲁氏菌：一种生物威胁制剂143 6.4布鲁氏菌病是一种人畜共患的疾病146 6.5人布鲁氏菌病的临床表现148 6.6布鲁氏菌病的诊断和治疗151 6.7生物技术在布鲁氏菌检测和鉴定中的应用154 6.8预防控制156 参考文献159 第7章鼻疽伯克氏菌和鼻疽病164 7.1鼻疽病的历史164 7.1.1鼻疽伯克霍尔德菌和鼻疽病的历史164 7.1.2历史的视角：作为生物武器的鼻疽伯克氏菌165 7.2致病机制166 7.2.1黏附和侵袭166 7.2.2分泌167 7.2.3群体感应效应（QS）169 7.2.4自体转运蛋白169 7.3流行病学170 7.3.1宿主170 7.3.2感染源和传播源170 7.3.3发生的事件170 7.4治疗和疫苗172 7.4.1抗生素治疗和新的治疗方法172 7.4.2疫苗173 7.4.3全细胞疫苗173 7.4.4亚单位疫苗175 7.5诊断方法176 7.5.1血清学检测176 7.5.2PCR检测178 7.5.3新的诊断方法179 7.6结论性意见179 参考文献181 第8章类鼻疽伯克氏菌191 8.1引言191 8.2历史192 8.2.1首次报告的案例192 8.2.2属的变化193 8.3流行病学193 8.3.1空间分布194 8.4传播方式194 8.4.1皮肤接触传播195 8.4.2消化道摄入195 8.4.3呼吸道吸入196 8.4.4其他传播途径196 8.5临床表现196 8.5.1临床症状和转归196 8.5.2病理生理学199 8.6疾病的分子层面201 8.6.1基因组岛（GI）和原噬菌体201 8.6.2菌落形态学202 8.6.3抗生素耐药性203 8.6.4荚膜多糖（CPS）203 8.7发病机制204 8.7.1细胞黏附和侵袭204 8.7.2分泌系统：第三型和第六型205 8.8生物恐怖和生物战的应对措施206 8.8.1生物威胁206 8.8.2应对措施207 参考文献209 第9章贝氏柯克斯体：隐藏在眼前221 9.1引言221 9.1.1历史意义221 9.1.2贝氏柯克斯体（C.burnetii）222 9.1.3培养不可培养物：贝氏柯克斯体研究的重大进展223 9.2将“疑问”从Q热中剥离出来223 9.2.1人感染的流行病学223 9.2.2传播224 9.2.3临床特征225 9.2.4诊断226 9.2.5治疗方法227 9.3贝氏柯克斯体的胞内生活：贝氏柯克斯体空泡（CCV）的特征228 9.3.1侵入和细胞内运输228 9.3.2贝氏柯克斯体空泡的扩张230 9.3.3抗凋亡的特点230 9.4贝氏柯克斯体的致病机制研究231 9.4.1感染的实验室模型231 9.4.2寻找细菌毒力因子231 9.4.3IVB型分泌系统Dot/Icm：一个重要的毒力因素232 9.4.4识别IV型分泌系统的底物233 9.4.5阐明效应物的功能233 9.5展望：贝氏柯克斯体——值得关注的原因？235 参考文献236 第10章土拉弗朗西斯菌：兔热病原体和生物恐怖剂252 10.1引言252 10.2自然传播周期和感染途径252 10.3流行病学、检测和治疗254 10.4细胞内生命周期257 10.5宿主免疫反应258 10.6宿主的代谢反应259 10.7结论259 参考文献261 第11章鼠疫耶尔森菌265 11.1引言265 11.2病原体特征265 11.3病理生理学266 11.4临床特征和潜伏期266 11.4.1肺鼠疫266 11.5感染的途径268 11.6临床表现268 11.6.1腺鼠疫269 11.6.2肺鼠疫270 11.7实验室诊断271 11.7.1样品采集272 11.7.2样品包装272 11.7.3实验室检查272 11.8鼠疫的病例定义274 11.9鼠疫的临床管理274 11.9.1引言274 11.9.2支持治疗274 11.9.3特定的抗生素治疗275 11.9.4暴露后预防276 11.9.5尸体管理276 11.10医护人员防护277 11.10.1通用预防措施277 11.10.2选择个人防护装备277 11.10.3实验室的保护措施278 11.10.4消毒和洗消278 11.10.5废物管理279 参考文献280 第12章细菌治疗学284 12.1β内酰胺类抗生素和干扰细胞壁合成的抗生素286 12.2原核细胞蛋白质合成抑制剂287 12.2.1抗分枝杆菌剂：安莎霉素（利福霉素）288 12.3氟喹诺酮类药物288 12.4氨基香豆素289 12.5叶酸合成抑制剂289 12.5.1磺胺类药物289 12.5.2二氨基苄基嘧啶290 12.6生物战或生物恐怖关注的细菌制剂感染免疫疗法290 参考文献292 第13章生物威胁剂分子诊断方法的进展294 13.1引言294 13.2新型诊断技术295 13.2.1免疫学方法295 13.2.2生物传感器297 13.2.3基于核酸扩增的技术299 13.2.4二代测序301 13.2.5微阵列304 13.2.6等温扩增305 13.2.7微流控312 13.3总结313 参考文献314 第14章二代测序在食源性微生物病原体检测中的应用329 14.1引言329 14.2二代测序：背景和历史330 14.3测序的核心内容332 14.3.1基因组大小和GC含量高低332 14.3.2覆盖范围333 14.3.3准确性335 14.4短读长测序335 14.5长读长测序337 14.6使用二代测序数据进行病原体检测339 14.7测序数据在病原体检测中的应用342 14.7.1公共卫生环境下的肠道沙门氏菌342 14.7.2WGS和专业流行病学数据库实现更高分辨率的病原体分型342 14.7.3沙门氏菌血清分型和通过PCR推断沙门氏菌血清分型344 14.7.4通过WGS拼接预测沙门氏菌血清型344 14.7.5NGS数据通常可以集成现有的基于等位基因PCR分型方案344 14.7.6WGS是一种无与伦比的高分辨率细菌分型工具345 14.7.7WGS、公共数据库和生物信息学为发现假定的毒力因子提供了新的方法346 14.7.8WGS在研究由两种血清型组成的杂交型肉毒毒素中的作用346 14.7.9通过核苷酸/蛋白质数据库发现新的肉毒杆菌神经毒素血清型347 14.7.10梭状芽孢杆菌属以外细菌中肉毒毒素样蛋白的鉴定348 14.8总结348 参考文献350 第15章生物毒素作为生物威胁剂的概述357 15.1引言357 15.2生物毒素是中间谱制剂358 15.3生物毒素应对委员会和机构360 15.4生物毒素的分类362 15.4.1动物毒液362 15.4.2细菌毒素363 15.4.3海洋毒素365 15.4.4真菌毒素366 15.4.5植物毒素367 15.5总结368 参考文献369 第16章农业生物恐怖379 16.1引言379 16.2生物武器攻击的原因379 16.3生物武器发展或攻击农业目标的历史382 16.4食物途径385 16.5攻击方式387 16.5.1作物387 16.5.2家畜388 16.5.3非国家行为的生物恐怖主义389 16.5.4基因工程389 16.6检测模式390 16.7农业目标的脆弱性因素390 16.8非标准攻击模型392 16.8.1生物巡航392 16.8.2对生物燃料作物的攻击393 16.8.3引入物种的使用393 16.9对策394 16.9.1检测394 16.9.2加强农业机构、其他联邦机构和军方之间合作和沟通的建议396 16.9.3基因工程397 16.9.4先进农业技术397 16.10总结398 参考文献399