中国菰和茭白基因组学研究

序
前言
第1章 菰属植物种类分布、起源进化与中国菰遗传多样性研究
1.1 菰属植物种类分布与起源进化
1.2 中国菰的生态与经济价值
1.3 中国菰遗传多样性研究
1.4 中国菰与水稻间的性状转移
1.5 总结
参考文献
第2章 中国菰染色体水平基因组构建与落粒性相关基因分析
2.1 前言
2.2 基因组组装、锚定和质量评估
2.3 基因组注释
2.4 中国菰基因组的进化
2.5 中国菰和水稻的基因组与落粒性相关基因共线性分析
2.6 中国菰离层形成和降解的组织学、转录组和激素分析
2.7 中国菰和水稻植物卡生生物合成基因簇的共线性分析
2.8 结论
参考文献
第3章 中国菰米发芽过程中酚类化合物积累机制的研究
3.1 前言
3.2 中国菰米发芽过程
3.3 中国菰米发芽过程中酚含量的变化规律
3.4 中国菰米发芽过程中游离氨基酸含量的变化规律
3.5 中国菰米发芽过程中蛋白质功能注释分析
3.6 中国菰米发芽过程中蛋白质表达分析
3.7 中国菰米发芽过程中差异表达蛋白质的GO富集分析
3.8 中国菰米发芽过程中差异表达蛋白质的KEGG富集分析
3.9 中国菰米发芽过程中酚类化合物生物合成关键蛋白质表达分析
3.10 中国菰米发芽过程中酚类化合物生物合成关键酶基因表达分析
3.11 中国菰米发芽过程中酚类化合物生物合成关键酶活性的变化规律
3.12 结论
参考文献
第4章 中国菰抗病基因ZIBBR/的克隆及功能分析
4.1 前言
4.2 植物材料
4.3 ZlBBR1基因全序列的克隆
4.4 ZlBBR1基因的生物信息学分析
4.5 ZlBBR1基因表达模式分析
4.6 转ZlBBR1基因水稻的白叶枯病菌PXO71抗性分析
4.7 ZlBBR1互作蛋白的筛选
4.8 ZlBBR1基因的多样性分析
4.9 常规水稻品种中OsBBR1同源基因的鉴定及进化分析
4.10 结论
参考文献
第5章 逆境胁迫对茭白几丁质酶基因ZlChis表达特性及生理活性的影响
5.1 前言
5.2 茭白几丁质酶基因ZlChis的鉴定
5.3 茭白黑粉菌的分离与验证
5.4 非生物胁迫对茭白叶片几丁质酶基因ZlChis表达的影响
5.5 茭白黑粉菌侵染对雄茭叶片几丁质酶基因ZlChis表达的影响
5.6 茭白黑粉菌侵染对雄茭生理活性的影响
5.7 接种植株的茭白黑粉菌检测
5.8 结论
参考文献
第6章 茭白铵转运蛋白基因ZlAMTs的鉴定及在低氮条件下的表达分析
6.1 前言
6.2 茭白ZlAMTs基因的鉴定与理化性质分析
6.3 茭白ZlAMTs基因的系统发育分析与基因结构特征
6.4 茭白ZlAMTs蛋白的保守结构域和保守基序分析
6.5 茭白ZlAMTs基因染色体定位和共线性分析
6.6 茭白ZlAMTs基因启动子区域假定的顺式作用调控元件分析
6.7 茭白ZlAMTs基因在低氮条件下的表达分析
6.8 结论
第7章 茭白的起源与驯化
7.1 前言
7.2 中国菰和茭白的利用历史
7.3 中国菰和茭白的遗传结构
7.4 茭白的起源与驯化
7.5 茭白黑粉菌与茭白栽培品种的多样性
7.6 结论
参考文献
第8章 茭白黑粉菌诱导茭白茎发育重编程的转录组研究
8.1 前言
8.2 植物材料
8.3 茭白黑粉菌侵染和对照茎的转录组组装、功能富集和差异表达基因
8.4 茭白茎中差异表达基因的表达谱分析
8.5 茭白黑粉菌基因表达谱分析
8.6 茭白茎膨大相关候选基因的鉴定
8.7 细胞分裂素和生长素在茭白膨大茎形成过程中的作用
8.8 茭白膨大茎的表型和茭白黑粉菌的菌株类型有关
8.9 结论
拳考文献
第9章 茭白黑粉菌基因表达导致茭白膨大茎表型的变化
9.1 前言
9.2 正常茭白和灰茭膨大茎表型差异
9.3 正常茭白和灰茭膨大茎转录组及表达谱分析
9.4 茭白黑粉菌基因组基因功能分类
9.5 茭白黑粉菌效应子相关差异表达基因
9.6 茭白黑粉菌冬孢子形成相关差异表达基因
9.7 茭白黑粉菌参与黑色素形成的差异表达基因
9.8 差异表达基因的qRT-PCR验证
9.9 胁迫处理对茭白黑粉菌UePKS、UeSPR5和UeLAC1基因表达的影响
9.10 结论
参考文献
第10章 IncRNA在依赖于温度的茭白茎膨大过程中的作用
10.1 前言
10.2 茭白茎形态
10.3 茭白植物组织和茭白黑粉菌中的IncRNA鉴定及特征
10.4 茭白植物组织和茭白黑粉菌中IncRNA及mRNA的表达特性
10.5 IncRNA的功能分析
10.6 植物防御反应及其相关IncRNA
10.7 植物激素相关IncRNA
10.8 氨基酸代谢及其相关IncRNA
10.9 结论
参考文献
第11章 转录组分析揭示茭白黑粉菌诱导茭白膨大茎形成的共生机制
11.1 前言
11.2 植物材料及处理
11.3 茭白孕茭前后表型分析
11.4 植物激素对茭白茎部膨大的响应
11.5 转录组测序及差异表达基因分析
11.6 差异表达基因分析
11.7 差异表达基因的GO和KEGG分析
11.8 差异表达基因的调控概述、非生物胁迫和转录因子分析
11.9 植物激素信号转导通路相关基因表达及