药物设计

第1章绪论1
11引言1
12新药的发现1
13药物开发程序3
14药物设计4
15药物设计学科的发展趋势7
参考文献9
第2章理论基础10
21分子生物学基础10
211蛋白质10
212核酸14
213酶和辅酶15
214脂类16
215糖类17
216离子通道17
217生物膜18
22分子药理学基础20
221受体与配基20
222药物受体相互作用的方式与本质21
223药物受体之间的锁匙关系23
224药物受体相互作用力类型26
23理论计算方法28
231分子力学28
232分子动力学29
24统计分析方法30
241回归分析31
242聚类分析33
243判别分析34
244主成分分析35
245偏*小二乘分析35
参考文献36
第3章生物电子等排原理与药物设计37
31生物电子等排37
32生物电子等排原理与药物设计38
321经典的生物电子等排的药物设计40
322非经典的电子等排的药物设计54
参考文献58
第4章前药原理与药物设计59
41前药原理59
411前药59
412前药原理59
42载体前药（小分子载体前药）60
421酯类前药60
422酰胺类前药69
423胺和季铵型前药71
424缩酮前药72
425曼尼希碱前药72
43双前药72
431羟基类药物的双前药73
432羧基药物的双前药75
433磷酸基药物的双前药78
434胺类药物的双前药78
435杂环—NH—的药物双前药80
436磺酰氨基药物的双前药81
437其他类双前药81
44聚合前药82
441糖类前药82
442环糊精类前药85
45协同前药86
451解热镇痛药与非甾体抗炎药的酯类协同前药87
452抗生素缩醛协同前药87
453抗生素与喹诺酮类抗菌药协同前药88
454钙拮抗剂与β受体阻断剂协同前药89
455利尿药与β受体阻断剂协同前药90
456肼哒嗪与β受体阻断剂协同前药90
457一氧化氮供体协同前药90
46生物前体前药93
461醇类前药93
462醛类前药94
463内酯前药94
464叔胺前药94
465偶氮化合物前药95
466亚砜前药95
467酮前药96
468环状前药96
参考文献96
第５章药物的定量结构活性关系97
51引言97
52QSAR中常见的数学建模方法98
521模型的形式已知（或已预先假设）98
522模型形式未知99
523人工神经网络100
524常见的数学建模软件106
53药物设计中QSAR常用的参数106
531电性参数106
532立体参数107
533疏水性参数109
534用于计算参数的常用软件介绍112
543DQSAR113
541CoMFA简介113
542CoMFA应用实例115
543CoMSIA简介116
544HQSAR方法简介117
参考文献118
第６章量子化学在药物设计中的应用119
61量子化学基础119
611薛定谔方程119
612分子轨道理论120
613从头算123
614半经验量子化学方法124
615密度泛函理论126
616QM/MM方法128
62量子化学参数与结构活性关系128
621量子化学参数128
622应用实例之一：喹诺酮类化合物的定量结构抗菌活性关系132
623密度泛函理论计算的描述子在定量构效关系中的应用133
624量化参数与其他结构参数相互结合134
625量化参数在定量构效关系研究中的优势及局限性134
63量子化学在药物设计中的其他应用134
631量化计算用于前药设计134
632量化计算通过获得酶活性位点的结合信息来指导药物设计137
633量化计算通过获得酶促反应过渡态结构信息来指导药物设计139
64量子化学软件及资源简介140
641量子化学软件140
642量子化学资源144
参考文献146
第7章分子对接与药物虚拟筛选147
71分子三维结构数据库简介147
711蛋白质结构数据库PDB147
712小分子数据库147
72类药性分析151
721简单的计算方法151
722功能基团的方法152
723神经网络的方法152
724递归分区法153
725聚类法分析153
73药效基团及三维结构数据库搜寻153
731基于配体的药效团模型154
732基于受体的药效团构建的方法155
733药效基团的应用157
74分子对接160
741分子对接的基本方法160
742自由能计算与打分函数164
743虚拟筛选的具体流程166
744分子对接的应用167
745DOCK具体操作实例171
参考文献174
第8章全新药物设计175
81全新药物设计的基本原理和主要问题175
82全新药物设计的一些重要方法176
821活性位点分析法176
822分子连接法177
83全新药物设计的重要应用178
参考文献180
第9章组合化学与药物开发181
91组合合成技术181
911混合分裂合成法181
912同步平行合成法182
913交替分合法183
914混合试剂合成法183
92组合合成方法184
921固相组合合成184
922液相组合合成194
93组合化合物库198
931类肽库198
932寡脲198
933磺酰肽和插烯磺酰肽199
934低聚氨基甲酸酯199
94虚拟组合化学库200
941Legion软件200
942CombiLibMaker200
95组合化学在药物开发中的应用201
951天然产物类似物库201
952基于靶标酶的药物设计203
参考文献204
第10章化合物的ADME性质与药物开发206
101药物动力学基本概念206
1011药物的ADME过程206
1012隔室模型210
102药物动力学参数与分子结构的关系210
1021药物的小肠吸收与分子结构的关系211
1022药物的经皮吸收与分子结构的关系212
1023药物透过角膜的吸收与分子结构的关系213
1024药物在脑组织中的分布与分子结构的关系214
103药物动力学在药物开发中的应用214
1031实验设计215
1032隔室模型求解药物动力学参数216
1033其他方法求解药物动力学参数226
参考文献227