中药资源转录组分析操作指南

**篇理 论 篇一、 中药资源转录组概述3（一） 转录组的研究目标3（二）  转录组的研究方法5（三）  中药资源转录组研究现状5（四） 中药资源转录组研究展望12二、 同源基因功能分化与活性成分变异机制22（一） 同源基因的正确注释是研究药用植物活性成分变异的重要前提22（二） 重复基因的功能分化是形成药用植物活性成分变异的基础24（三） 药用植物基因功能分化决定其活性成分的变异26三、 功能性estssr标记31（一） 功能性estssr的基本概念31（二） 功能性estssr的开发流程32（三） 功能estssr的优势35（四） 功能性estssr标记在中药资源中的应用36（五） 药用植物功能性estssr标记展望38〖〗第二篇技 术 篇一、 转录组数据的组装43实验一样品收集与保存43实验二rna提取44实验三mrna分离纯化47实验四solexa文库制备49实验五上机测序53实验六转录组数据组装59实验七转录组数据功能注释61二、 基因克隆及表达分析64实验八基因克隆64实验九基因表达分析71实验十共表达分析80三、 数据库使用及生物信息学分析84实验十一核酸数据库及其使用84实验十二蛋白质数据库及其使用91实验十三代谢数据库及其使用96实验十四文献数据库及其使用101实验十五ncbi序列数据的提交104实验十六多序列对位排列分析109实验十七系统发育分析112实验十八核酸序列的分析和转换117实验十九基因开放阅读框预测123实验二十蛋白质理化性质预测129实验二十一蛋白质亚细胞定位信号预测130实验二十二蛋白质信号肽和跨膜结构域预测132实验二十三蛋白质二级结构和三级结构预测135四、 ssr标记开发139实验二十四ssr位点开发139实验二十五ssr引物设计140实验二十六基因组dna提取143实验二十七琼脂糖凝胶电泳145实验二十八非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳147实验二十九ssr数据统计149实验三十ssr数据分析155〖〗第三篇实 践 篇一、 金银花转录组与质量评价标记筛选161二、 地黄根部转录组文库的构建及响应连作障碍关键基因的筛选174三、 比较转录组学和代谢组学相结合研究丹参酮生物合成分子机制186四、 罗汉果果实转录组测序的研究209五、 基于转录组测序揭示适度干旱胁迫对甘草根基因表达的调控222六、 基于黄芩cdna文库的功能estssr标记开发236七、 茯苓转录组ssr序列特征及其功能预测255八、　川西獐牙菜（藏茵陈）转录组ssr信息分析268九、 厚朴mva途径相关基因鉴定及生物信息学分析288十、 三七香叶基香叶基焦磷酸合酶基因的克隆及表达分析301