异位发酵床微生物组多样性

**章　概述 / 1 　

**节　微生物发酵床研究进展 1

一、微生物发酵床养猪技术起源 1

二、微生物发酵床养猪技术原理 2

三、微生物发酵床的管理 2

四、发酵床微生物特性研究 3

五、微生物发酵床垫料的资源化利用技术 6

第二节　基于宏基因组技术分析微生物组研究进展 7

一、微生物宏基因组技术发展与应用 7

二、细菌群落宏基因组研究进展 10

三、真菌群落宏基因组研究进展 21

第三节　异位发酵床的原理与结构 32

一、异位发酵床原理与处理工艺 32

二、异位微生物发酵床结构设计 33

三、异位微生物发酵床运行管理 35

四、讨论 36



第二章　发酵床微生物宏基因组研究方法 / 39 　

**节　概述 39

一、发酵床的原理与优势 39

二、发酵床微生物群落研究进展 39

三、基于宏基因组技术分析微生物组研究 40

第二节　基于宏基因组技术分析发酵床微生物组研究方法 40

一、发酵床垫料样本采集及垫料理化性质测定 40

二、发酵床垫料的发酵程度等级划分 41

三、宏基因组高通量测序 41

四、宏基因组测序数据质控 41

五、分类操作单元(OTUs)聚类分析 41

六、分类操作单元(OTUs)抽平处理 41

七、核心微生物组(core microbiome)分析 41

八、物种分类和丰度分析 42

九、样本复杂度分析 42

十、显著性差异分析 42

第三节　发酵床微生物高通量测序与统计工作流程 43

一、微生物组高通量测序 43

二、短序列去杂 44

第四节　微生物发酵床细菌分类操作单元（OTU）分析 45

一、发酵床细菌分类操作单元(OTU)提取 45

二、发酵床细菌分类操作单元(OTU)比对 45

三、发酵床细菌分类操作单元(OTU)抽平处理 46

四、发酵床细菌分类操作单元(OTU)稀释曲线 46

五、发酵床细菌分类操作单元(OTU)群落α-多样性 48

六、发酵床部分样本微生物(OTUs)物种谱系演化 49



字数限制，仅显示部分目录。