蛋白质结合位点预测及辅助分子对接

第1章绪论001
1.1引言001
1.2蛋白质结构与功能004
1.2.1一级结构004
1.2.2二级结构006
1.2.3三级结构006
1.2.4四级结构007
1.2.5蛋白质稳定性008
1.2.6蛋白质结构分析008
1.2.7蛋白质结构稳定性分析009
1.2.8蛋白质功能009
1.3配体-受体相互作用原理010
1.3.1受体-配体结合的关键点010
1.3.2结合过程理论模型010
1.3.3配体-受体相互作用的物理学性质013
1.4蛋白质结合位点预测研究现状018
1.4.1蛋白质-蛋白质和蛋白质-配体结合位点的比较019
1.4.2蛋白质-配体结合位点预测020
1.4.3蛋白质-蛋白质结合位点预测029
1.5本研究的主要工作033
1.5.1基于氨基酸组成偏好的配体结合口袋识别方法034
1.5.2使用随机森林方法进行蛋白质结合位点的预测034
1.5.3残基聚类方法及其对蛋白质结合位点预测的应用035
1.5.4蛋白质结合位点预测辅助分子对接035

第2章基于氨基酸组成偏好的配体结合口袋识别方法037
2.1引言037
2.2基于全局口袋氨基酸组成偏好的配体结合口袋识别方法038
2.2.1材料与方法038
2.2.2结果与讨论046
2.3基于局部口袋氨基酸组成偏好的配体结合口袋识别方法051
2.3.1材料与方法051
2.3.2结果与讨论053
2.4本章小结057

第3章使用随机森林方法进行蛋白质结合位点的预测058
3.1引言058
3.1.1单棵树生长方法058
3.1.2自助法重采样059
3.1.3随机森林算法059
3.2基于单块残基属性定义模型的蛋白质-配体结合位点预测061
3.2.1材料与方法061
3.2.2结果与讨论066
3.3基于多块残基属性定义模型的蛋白质-蛋白质结合位点预测068
3.3.1材料与方法068
3.3.2结果与讨论073
3.4本章小结079

第4章基于数据聚类的蛋白质结合位点识别081
4.1引言081
4.2简单迭代方法优化蛋白质-配体结合位点识别085
4.2.1随机森林086
4.2.2验证方法086
4.2.3残差表示模型087
4.2.4阈值调整方法087
4.2.5迭代法087
4.2.6实验结果与分析088
4.3基于*小协方差行列式(MCD)和马氏距离的蛋白质-蛋白质结合位点识别091
4.3.1数据集093
4.3.2残基模型和评价指标093
4.3.3MCD计算、马氏距离和鲁棒距离094
4.3.4随机森林095
4.3.5交叉验证和独立测试096
4.3.6实验结果与分析096
4.4基于随机森林邻近距离的蛋白质-蛋白质结合位点识别101
4.4.1数据集103
4.4.2残基模型103
4.4.3随机森林104
4.4.4距离度量104
4.4.5数据过滤与评价105
4.4.6邻近距离优化106
4.4.7实验结果与分析107
4.5本章小结113

第5章蛋白质结合位点预测及辅助分子对接115
5.1引言115
5.1.1分子对接方法分类116
5.1.2目前面临的主要问题116
5.2结合位点预测信息前端使用辅助蛋白质-配体对接117
5.2.1材料与方法117
5.2.2结果与讨论120
5.3结合位点预测信息后端使用辅助蛋白质-蛋白质对接122
5.3.1材料与方法123
5.3.2结果与讨论128
5.4本章小结135

第6章总结与展望136
6.1研究工作总结136
6.2未来研究展望138

参考文献140