不称职的英雄--达尔文与难产的《物种起源》

自然神学大厦将倾 1837—1839 直到几十年后，达尔文才使用了“进化”（evolution）一词。1837年7月，达尔文开始记录物种的“演变”（transmutation）。**本笔记写在带有金属夹的棕皮口袋本上。这个笔记本非常小巧，可以放在外套里随身携带，可以私密地记录他的疯狂思考和异端疑窦。
达尔文在笔记本封面简单作了一个标签——B。笔记A大约也开始于同一时间，内容是地质学。达尔文在笔记B的首页顶部写上了“动物法则”（Zoonomia），致敬祖父伊拉斯谟·达尔文（Erasmus Darwin）40年前出版的同名书籍。伊拉斯谟·达尔文是一位知名的医生和诗人，他的人生充满传奇色彩，身患痛风却好美色，观点不拘于传统，子嗣成群，有不少私生子，创作了许多有关植物的艳诗。达尔文的哥哥继承了祖父的名字，而达尔文继承了祖父对科学的热爱。《动物法则》的内容主要是医论，其中一部分记述了祖父伊拉斯谟的进化论观点：“所有恒温动物都起源于同一种丝状生物”，这种共同的亲缘关系具备一种“通过固有行为不断完善”的能力，因此这些改良性状能够在亲子代间传递。伊拉斯谟·达尔文在这个观点上并未深究，没有多加阐释或是提供佐证支持，但他为他的孙子达尔文充当了物种演变思想的家庭先驱，为之后达尔文的研究提供了理论出发点。而查尔斯·达尔文的演变理论富有条理，有说服力，有证据支持，否则达尔文不会出版。
达尔文选择用简洁的电报式文体来撰写笔记条目，对标点和语法不甚在意，笔记上有很多插入和划掉的文字、缩略语和不规范的拼写。他把hereditary（遗传）误写为heredetary，还把岛名Sicily（西西里岛）误写作Scicily(还是Siicily？）——虽然这个小岛不像加拉帕戈斯群岛一样有那么多独特的动物，但是名字却更难拼写。达尔文脑中有太多想法，这些文字不过是他为了记忆所做的记录罢了。他以宏大的问题为开篇：“为什么生命如此短暂？”跟随祖父的研究，他问道：“为什么性如此重要？”由此出发，达尔文开门见山，提出了一个重要的见解：有性生殖以某种方式使生物产生了变异，所以亲子代间互不相同。同代之间也互不相同，除非是双胞胎。体态特征代代变化，智力和本能也是如此。结论就是“适应性”。*终结果如何呢？达尔文提出，在一个小岛上放一对猫或者一对狗，让它们自由生长，尽管有天敌，它们的数目也会慢慢增长。“谁敢预测结果究竟如何呢？”达尔文默默地问自己：“由此看来，如果动物在相隔的岛屿上待的时间够长，它们*终会变成不同的物种。”这就要求岛屿条件十分简单，分散孤立，还有不规则的生物群，这些就像是思想实验的前提条件，有助于达尔文理清思绪。
比如加拉帕戈斯群岛上的象龟和嘲鸫，或马尔维纳斯群岛马尔维纳斯群岛，英国称“福克兰群岛”上的小狐狸，“每一个物种都在变化”。达尔文写道。单单这句话就是个大胆的言论，与当时正统的科学和宗教理论鲜明对立。此外，达尔文大胆猜想，变化的物种是由一个物种连续演变而来的，这样就产生了物种“属”之间的区别联系，也拓展了物种分类，比如科、目、纲——生物的多样性。达尔文在其中一页笔记上画了一张亲缘关系简图，像一棵树干，不断分枝。他在每一个分枝的末端都标记了一个字母，代表一个物种。鸟类和哺乳类，脊椎动物和昆虫，甚至还有动物和植物，都是从同一株原始树干上长出来的分枝。达尔文思维开阔，天马行空。接着，他写道：“天知道这是否和大自然一致：小心哪。查尔斯，你不必急于求成，小心谨慎为上。”
笔记B的标志性意义，除了是达尔文勇敢跨越到进化思考的私人证据，还记述了达尔文收集整理的丰富事实、概念、来源和主题，其中一些内容是他未来几十年研究和论证的核心材料。达尔文紧紧抓住适应性这一点，他发现子代间的变异使得适应成为可能。达尔文也认识到了生物地理学（物种分布在地理上的特征）和生物分类（如何将生物归到不同种类）作为物种的演变和分歧的证据的重要性。他把精力放在生物的基本结构上——这些肢体和器官看起来都太小、太原始，毫无用处，仿佛还没有完全成形，或者后来变得难以复原。这些基本器官也存在于人类身上。达尔文无休止地求索，渴望答案。为什么男性会有乳头？为什么有的甲虫，尤其是生活在多风岛屿上的甲虫，会把良好的翅膀封在从不打开的鞘翅（昆虫坚硬的角质前翅）之下？为什么睿智、忙碌的上帝会创造出这种既无聊又浪费的东西？
不会飞的甲虫令达尔文困惑不解，有着圆圆小翅膀却不能飞的鸟类也让他十分诧异，比如鸵鸟、企鹅、巴塔哥尼亚的走禽，以及新西兰的无翼鸟。“无翼鸟，”他写道，“可能是原始骨骼的有力例证。”达尔文随“小猎犬”号在新西兰停留时并没有收集到任何一只无翼鸟的标本，甚至没有亲眼看到过。他没有用当地的毛利语称它为“几维鸟”。但他通过阅读，了解了无翼鸟是这大团谜题中的一小部分，将在之后的研究中占有一席之地。 两年来，达尔文一直过着奇特的双面生活，他仿佛是一个间谍，身处英国科学大厦的走廊，而彼时的英国科学大厦根植于自然神学的土壤，与英国国教正统一唱一和。
当时，生物学还不是一门独立的学科。研究自然是虔诚的敬神行为。许多博物学家都是牧师，星期日布道，其余时间观察鸟类、收集昆虫，比如吉尔伯特·怀特，于1789年首次出版了内容翔实、文笔优美的自然志《塞尔伯恩博物志》；又如约翰·雷，铁匠的儿子，毕业于牛津大学（当时的牛津大学和剑桥大学还属于教会学校），于1691年顺应时势出版了《上帝在创造中显示的智慧》。1802年，威廉·佩利（William Paley）出版了《自然神学：从自然现象中收集的关于神性存在和其属性的证据》，简称《自然神学》，达尔文在剑桥求学时曾把这本书当作消遣读物。在书中佩利普及了“神圣的钟表匠”的比喻，向大众解释了“神是存在的”：假设我们发现地上有一块表，我们会推断一定有一位或一群工匠出于某种目的制造了它；如果我们在自然界发现了结构复杂巧妙、适应性极强的动植物，那么同理而言，一定是有个强大的造物主创造了它们。19世纪30年代出版的丛书《布里奇沃特论文集》由诸多当时备受尊敬的研究者撰写，其中八篇论文进一步论述了上帝的智慧和力量，并且说明了上帝是如何一点一点地直接创造了自然界。科学哲学家威廉·惠威尔是论文撰写者之一，他学识渊博，在很多领域有深远影响，还发明了“科学家”一词。惠威尔在论文中称天文和物理都是“有关自然神学”的学问。
佩利的自然神学理论背后是根深蒂固的传统思想，比如本质论认为现实世界由数量有限的“自然类”（natural kinds）架构，世上的任何一个实体都由其本质或原型所支撑。这一理论*早可以追溯到柏拉图。在柏拉图的影响下，本质主义者认为自然类相互独立，不可变化，物理实体仅仅是其不精准的表现形式。几何形状就是这些自然类的表现之一，比如三角形永远是三边，它可以具备多种多样的次要特征（等边、等腰、不等边），但永远不会是矩形或八边形。另一个例子是无机元素：铁永远是铁，铅永远是铅，除非炼金术士能找到神奇的方法把铁和铅转变为黄金。动植物也属于这种自然类，虽然有些种类的狗或鸡可能会出现不同的个体，但是物种之间的界线泾渭分明，不可变化。按照本质论，在特定时间内，物种的本质比个体拥有更根本、更稳定的特征。这也是威廉·惠威尔在1837年着重强调的一点：“物种在自然界拥有一个真实的存在，从一个物种变为另一个物种的过渡变化并不存在。”相信其他观点就是同教会教义和民间公理背道而驰。