噬菌体药理学及其实验方法

绪论：噬菌体群体治疗药理学方法和框架1

第1部分基础噬菌体学23
1水和土壤中噬菌体的富集25
2环境样品中噬菌体的分离方法31
3溶原诱导法分离噬菌体39
4氯化铁絮凝回收海水中的噬菌体46
5阴离子交换色谱法纯化噬菌体52
6噬菌体计数——双层平板法60
7噬菌体计数——直接涂板法66
8噬菌体的计数——微量滴定板法69
9噬菌体的电镜观察72
10噬菌体宿主范围和裂解率的测定82
11噬菌体对细胞吸附率的测定88
12一步生长曲线测定92
13利用纯化受体测定噬菌体的失活动力学97
14噬菌体突变株的构建100
15裂解性噬菌体的普遍性转导110
16噬菌体的高通量筛选119
17家蚕幼虫模型在噬菌体治疗实验中的应用123
18大蜡螟幼虫替代动物作为感染模型分析病原菌致病力的应用130
19果蝇感染模型和评价噬菌体抗菌效果的应用137
20浮萍和紫苜蓿作为细菌感染模型系统的应用143
21鸡胚致死试验评估噬菌体治疗效果的应用149
22噬菌体-生物膜相互作用的评价技术154
23使用噬菌体FISH法检测单细胞水平的噬菌体感染161
24酶谱分析噬菌体裂解蛋白的肽聚糖水解活性177
25即食食品中噬菌体效果的定量测定183

第2部分噬菌体生物信息学189
26噬菌体的分类与命名191
27病毒组研究方法194
28常见细菌的噬菌体201
29噬菌体研究的网络资源219
30噬菌体表征的必要步骤：生物学、分类学和基因组分析224
31使用RAST对噬菌体基因组注释238
32噬菌体基因组数据的可视化分析：比较基因组学和作图244
33噬菌体裂解物的制备和DNA纯化260
34脉冲场凝胶电泳（PFGE）测定噬菌体基因组大小266
35噬菌体基因组末端的高通量测序分析271
36通过分析有尾噬菌体基因组的末端确定DNA包装策略290
37来自单一噬菌斑的双链DNA噬菌体的基因组测序304
38利用感染裂解性噬菌体的细胞构建cDNA文库以使用RNA-Seq进行转录组分析308
39荧光定量PCR测定宿主菌和噬菌体mRNA的表达315
40噬菌体的纯化以及噬菌体结构蛋白的SDS-PAGE分析324
41噬菌体蛋白质组学：质谱的应用332

第3部分噬菌体应用341
42噬菌体治疗343
43使用Strep-tagⅡ纯化分析噬菌体-宿主的蛋白质-蛋白质相互作用349
44用于分枝杆菌药物敏感性试验的荧光杆菌噬菌体363
45工程噬菌体生物传感器370
46将噬菌体基因组导入大肠埃希菌的电穿孔法379
47枯草芽孢杆菌噬菌体SPO1的定点突变384
48电穿孔DNA噬菌体重组技术（BRED）在裂解性噬菌体基因操作中的应用391
49用亲和层析法分离竞争性噬菌体修饰展示的T4噬菌体401
50用于检测和生物防控的噬菌体及其蛋白质的固定化407
51铜绿假单胞菌噬菌体中编码生长抑制性ORFan的筛选420
52噬菌体展示技术432