R语言临床预测模型实战

目录 第1章 临床预测模型概述 1 1.1 如何构建预测模型 2 1.1.1 先单后多 2 1.1.2 逐步回归 2 1.1.3 Lasso 2 1.1.4 随机森林 3 1.1.5 *优子集 3 1.2 如何评价预测模型 3 1.2.1 拟合优度检验 3 1.2.2 ROC 4 1.2.3 Calibration 4 1.2.4 DCA曲线 4 1.3 如何验证预测模型 4 1.3.1 交叉验证 5 1.3.2 Bootstrap法 5 1.4 小结 5 第2章 线性回归 6 2.1 线性回归概述 7 2.1.1 相关的概念 7 2.1.2 回归的概念 9 2.2 线性回归实战 11 2.2.1 简单线性回归 11 IV 2.2.2 多重线性回归 17 2.3 小结 25 第3章 Logistic回归 27 3.1 概述 28 3.1.1 二分类Logistic回归的基本原理28 3.1.2 多分类Logistic回归的基本原理30 3.1.3 有序Logistic回归的基本原理30 3.1.4 1∶m匹配条件Logistic回归的基本原理31 3.2 Logistic回归分析实战 31 3.2.1 二分类Logistic回归 31 3.2.2 多分类Logistic回归 41 3.2.3 有序Logistic 49 3.2.4 1∶m匹配条件Logistic 53 3.3 小结 56 第4章生存资料分析 59 4.1 概述 60 4.1.1 Kaplan-Meier生存曲线的基本原理60 4.1.2 Cox比例风险模型的基本原理 61 4.2 生存资料分析实战 62 4.2.1 Kaplan-Meier生存曲线 62 4.2.2 Cox比例风险模型 72 4.3 小结 81 第5章竞争风险模型 83 5.1 概述 84 5.2 竞争风险模型实战 85 5.2.1 Fine-Gray检验（单因素分析） 85 5.2.2 crr()函数法（多因素分析） 95 V 目录 5.3 小结 97 第6章 自变量筛选 99 6.1 传统方法 100 6.1.1 基于连续性资料 100 6.1.2 基于二分类资料 105 6.1.3 基于生存资料 112 6.2 逐步法 116 6.2.1 基于连续性资料 117 6.2.2 基于二分类资料 121 6.2.3 基于多分类资料 124 6.2.4 基于有序资料 126 6.2.5 基于1∶m匹配资料 128 6.2.6 基于生存资料 130 6.2.7 基于竞争风险资料 131 6.3 Lasso法 134 6.3.1 基于连续性资料 135 6.3.2 基于二分类资料 144 6.3.3 基于多分类资料 151 6.3.4 基于生存资料 160 6.4 随机森林法 167 6.4.1 基于连续性资料 168 6.4.2 基于二分类资料 172 6.4.3 基于多分类资料 177 6.4.4 基于生存资料 180 6.4.5 基于竞争风险资料 187 6.5 *优子集法 191 6.5.1 基于连续性资料 192 6.5.2 基于二分类资料 193 6.5.3 基于多分类资料 193 6.5.4 基于有序资料 196 6.5.5 基于生存资料 196 VI 6.5.6 基于竞争风险资料 198 6.6 主成分分析法 200 6.7 小结 204 第7章列线图205 7.1 列线图简介 206 7.2 基于连续资料 206 7.2.1 普通静态列线图 206 7.2.2 网页动态列线图 210 7.2.3 花样列线图 212 7.2.4 静态列线图的变种 215 7.3 基于二分类资料 216 7.3.1 普通静态列线图 216 7.3.2 网页动态列线图 222 7.3.3 花样列线图 223 7.3.4 静态列线图的变种 227 7.4 基于有序资料 228 7.4.1 普通静态列线图 228 7.4.2 花样列线图 233 7.4.3 静态列线图的变种 236 7.5 基于生存资料 237 7.5.1 普通静态列线图 237 7.5.2 网页动态列线图 246 7.5.3 花样列线图 248 7.5.4 静态列线图的变种 253 7.5.5 生存概率列线图 255 7.6 基于竞争风险模型 256 7.6.1 普通静态列线图 256 7.6.2 静态列线图的变种 264 7.6.3 生存概率列线图 265 7.6.4 花样列线图 266 7.7 小结 270 第8章 Calibration校准曲线 271 8.1 Calibration校准曲线简介 272 8.2 基于二分类资料 272 8.2.1 单一模型校准曲线 272 8.2.2 多模型校准曲线 281 8.3 基于生存资料 284 8.3.1 单模型单时点校准曲线 285 8.3.2 单模型多时点校准曲线 292 8.3.3 多模型同时点校准曲线 294 8.4 基于竞争风险模型 299 8.4.1 单模型单时点校准曲线 299 8.4.2 多模型同时点校准曲线 301 8.5 小结 304 第9章 C指数计算 305 9.1 C指数简介 306 9.2 基于二分类资料 306 9.3 基于生存资料 310 9.4 基于竞争风险模型 315 9.5 小结 318 第10章 ROC曲线 319 10.1 ROC曲线简介 320 10.2 基于二分类资料 320 10.2.1 单一模型ROC曲线 320 10.2.2 多模型ROC曲线 328 10.3 基于生存资料 332 10.3.1 单模型单时点ROC曲线 332 10.3.2 单模型多时点ROC曲线 336 10.3.3 多模型同时点ROC曲线 339 VIII 10.4 基于竞争风险模型343 10.4.1 单模型单时点ROC曲线 343 10.4.2 单模型多时点ROC曲线 345 10.4.3 多模型同时点ROC曲线 348 10.5 小结 349 第11章 DCA曲线 350 11.1 DCA曲线简介 351 11.2 基于二分类资料351 11.2.1 单一模型DCA曲线351 11.2.2 多模型DCA曲线356 11.3 基于生存资料359 11.3.1 单模型单时点DCA曲线 359 11.3.2 单模型多时点DCA曲线 363 11.3.3 多模型同时点DCA曲线 365 11.4 小结 368 第12章 NRI、IDI计算 369 12.1 NRI、IDI简介 370 12.2 基于二分类资料 370 12.3 基于生存资料 378 12.4 小结 384 第13章交叉验证及Bootstrap 385 13.1 概述 386 13.2 简单交叉验证 389 13.3 K折交叉验证 391 13.4 留一法交叉验证 393 13.5 Bootstrap 395 13.6 小结 397