生物信息学

序 第三版前言 **版前言 **章 生物信息学的概念及发展历史 **节 生物信息学的发展历史 第二节 生物信息学的研究领域 第三节 生物信息学的主要应用 第四节 生物信息学面临的挑战 思考题 参考文献 第二章 生物学数据库及其检索 **节 生物学数据库简介 第二节 生物学数据库的数据存储格式 第三节 生物学数据库的检索 思考题 参考文献 第三章 序列比对原理 **节 序列比对相关概念 第二节 序列比对打分方法 第三节 序列比对算法 第四节 序列比对工具 第五节 多序列比对 思考题 参考文献 第四章 蛋白质结构预测与分析 **节 蛋白质结构组织层次 第二节 蛋白质结构的测定与理论预测 第三节 蛋白质对接 第四节 蛋白质折叠与疾病 思考题 参考文献 第五章 真核生物基因组的注释 **节 蛋白质编码基因的注释 第二节 RNA基因的注释 第三节 重复序列的注释 第四节 假基因的注释 第五节 案例分析：黄瓜基因组的注释 思考题 参考文献 第六章 转录组学 **节 转录组学概述 第二节 试验设计和测序流程 第三节 转录组数据核心分析 第四节 功能分析 第五节 RNA-seq数据分析案例 思考题 参考文献 第七章 非编码RNA **节 非编码RNA概述 第二节 非编码RNA的分类 第三节 microRNA 第四节 circRNA 第五节 其他小分子RNA 思考题 参考文献 第八章 蛋白质组学 **节 蛋白质组学概述 第二节 蛋白质的大规模分离鉴定技术 第三节 蛋白质的翻译后修饰 第四节 蛋白质分选 第五节 蛋白质相互作用 思考题 参考文献 第九章 系统生物学 **节 系统生物学基本概念 第二节 系统生物学基本技术与方法 第三节 基因表达调控网络 第四节 代谢网络 第五节 信号转导途径 第六节 蛋白质-蛋白质相互作用网络 第七节 虚拟细胞 第八节 生物学网络的构建、分析与可视化 思考题 参考文献 第十章 合成生物学 **节 合成生物学概述 第二节 合成生物学基础研究经典实例 第三节 合成生物学应用研究经典实例 思考题 参考文献 第十一章 分子进化与系统发育 **节 分子进化与系统发育 第二节 分子系统发育树的构建方法 第三节 系统发育树构建及应用 思考题 参考文献 第十二章 统计学习与推理 **节 统计学习与推理基础 第二节 统计模型与参数推断 第三节 聚类分析、主成分分析与Fisher判别 第四节 贝叶斯推理 第五节 隐马尔可夫模型 第六节 动态神经网络 第七节 支持向量机 第八节 MATIAB的应用实例 思考题 参考文献 第十三章 生物信息学编程基础 **节 Linux操作系统 第二节 生物信息学中的编程语言 第三节 SQL及数据库编程 第四节 并行计算 思考题 参考文献 第十四章 新一代测序技术及其应用 **节 测序技术概述 第二节 第二代测序原理 第三节 第二代测序技术的应用 第四节 生物信息学在第二代测序中的应用 第五节 生物信息学新技术与发展趋势 思考题 参考文献