苹果抗炭疽菌叶枯病基因的分子标记及遗传定位

**章文献综述（）
**节苹果炭疽菌叶枯病的发生与为害（）
一、苹果炭疽菌叶枯病的为害症状（）
二、苹果炭疽菌叶枯病的病原（）
三、苹果炭疽菌叶枯病的侵染规律（）
第二节植物与病原微生物互作的机制（）
一、植物对病原微生物侵染的基础抗性(PTI)（）
二、病原微生物对PTI的抑制（）
三、植物对病原微生物的基因对基因抗性(ETI)（）
四、抗病分子机理研究对作物抗病育种的影响（）
第三节抗病基因的分子鉴定方法（）
一、近等基因系法（）
二、分离群体分组分析法（）
第四节分子标记技术研究进展（）
一、分子标记概述（）
二、分子标记的种类（）
三、分子标记在苹果上的应用（）
第五节研究目的与意义（）
第二章苹果对炭疽菌叶枯病抗性遗传的研究（）
**节材料与方法（）
一、植物材料（）
二、供试病菌（）
三、试验方法（）
第二节结果与分析（）
一、不同苹果品种（系）对炭疽菌叶枯病的抗性表现（）
二、苹果F1植株对炭疽菌叶枯病抗性表现及抗性遗传规律分析（）
三、苹果杂交亲本及后代对炭疽菌叶枯病抗性的基因型推测（）
第三节讨论与小结（）
第三章苹果抗炭疽菌叶枯病基因的SSR标记筛选及遗传定位（）
**节材料与方法（）
一、植物材料（）
二、DNA的提取及检测（）
三、抗感 DNA 池的构建（）
四、SSR分子标记的筛选与开发（）
第二节结果与分析（）
一、基因组DNA的检测（）
二、抗性基因的分子标记筛选（）
三、遗传距离计算和抗性基因位点连锁图谱构建（）
四、SSR标记的测序分析（）
第三节讨论与小结（）

第四章基于WGR技术开发与苹果抗炭疽菌叶枯病基因相关联的SNP、Indel标记及抗病候选基因的鉴定（）
**节材料和方法（）
一、植物材料（）
二、DNA、RNA的提取，cDNA的合成及抗感池的构建（）
三、文库构建及库检（）
四、上机测序（）
五、生物信息分析流程（）
六、原始数据的获得与处理（）
七、与参考序列的比对（）
八、SNP和InDel的检测及注释（）
九、SNP数据统计（）
十、子代SNP频率差异分析（）
十一、目标性状区域定位（）
十二、基因表达定量分析（）
第二节结果与分析（）
一、测序数据质量（）
二、Reads与参考基因组比对情况统计（）
三、SNP频率和转换/颠换率计算（）
四、SNP及InDel检测及注释（）
五、子代SNP频率差异分布（）
六、目标性状区域定位（）
七、候选基因的功能预测（）
第三节讨论与小结（）
第五章基因Rgls位点的精细定位及分子标记可靠性验证（）
**节材料与方法（）
一、植物材料（）
二、抗感 DNA 池的构建（）
三、SNP引物的设计（）
四、高分辨率熔解曲线分析（）
五、SNP、InDel 标记的筛选验证（）
六、基因Rgls位点的精细定位（）
七、基因Rgls位点区域内的基因分析（）
八、分子标记准确性鉴定（）
第二节结果与分析（）
一、SNP及InDel标记的筛选（）
二、SNP 及InDel 标记的验证（）
三、基因Rgls位点的精细定位（）
四、基因Rgls位点区域内的基因分析（）
五、标记在品种（系）中的鉴定（）
第三节讨论与小结（）
第六章主要结论与创新点（）
**节主要结论（）
一、苹果抗炭疽菌叶枯病性状受隐性单基因控制（）
二、苹果抗炭疽菌叶枯病基因位点被定位于苹果第15条染色体上，与11个SSR标记连锁（）
三、利用全基因组重测序技术将Rgls基因位点快速定位在第15条染色体上，并筛选出5个响应炭疽菌叶枯病病原菌诱导的候选基因（）
四、利用SNP 及InDel 标记将Rgls基因位点精细定位在58 kb的区域内（）
五、4个与抗性基因位点紧密连锁的分子标记可用于MAS（）
第二节创新点（）
参考文献（）
附录（）
附录一DNA的提取方法（）
附录二琼脂糖凝胶电泳的检测方法（）
附录三非变性聚丙烯酰胺凝胶的制备及银染方法（）
附录四SSR标记序列分析方法（）
附录五5个候选基因编码的氨基酸序列（）