分子诊断学实验指导

目 录章 核酸的分离、纯化与鉴定技术……………………………………………………………… 1实验一 蛋白酶K －苯酚法制备基因组DNA …………………………………………………………… 1实验二 碘化钠法制备人外周血白细胞DNA …………………………………………………………… 4实验三 碱裂解法制备质粒DNA ………………………………………………………………………… 5实验四 聚乙二醇法纯化质粒DNA ……………………………………………………………………… 7实验五 异硫氰酸胍－苯酚－三氯甲烷一步法制备总RNA …………………………………………… 9实验六 磁珠纯化mRNA ………………………………………………………………………………… 11实验七 分光光度法测定核酸的浓度和纯度…………………………………………………………… 13实验八 琼脂糖凝胶电泳检测DNA …………………………………………………………………… 15实验九 甲醛变性凝胶电泳检测RNA ………………………………………………………………… 17实验十 变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测单链DNA 或RNA …………………………………………… 19第二章 核酸分子杂交技术…………………………………………………………………………… 22实验十一 Southern 印迹杂交…………………………………………………………………………… 22实验十二 Northern 印迹杂交…………………………………………………………………………… 26实验十三 荧光原位杂交………………………………………………………………………………… 29实验十四 斑点及狭缝印迹杂交………………………………………………………………………… 31第三章 核酸扩增技术…………………………………………………………………………………… 34实验十五 PCR 和菌落PCR 扩增大肠埃希菌fliC 基因………………………………………………… 34实验十六 巢式PCR 检测腺病毒F 亚属基因…………………………………………………………… 36实验十七 多重Gap － PCR 检测α －地中海贫血基因缺失…………………………………………… 38实验十八 等位基因特异扩增法检测CYP2C9 基因多态性…………………………………………… 41实验十九 PCR － RFLP 检测β －珠蛋白基因点突变…………………………………………………… 43实验二十 PCR － SSCP 检测凝血因子Ⅴ基因突变……………………………………………………… 46实验二十一 RT － PCR 检测流感病毒M 基因的mRNA 水平………………………………………… 49实验二十二 实时荧光定量PCR （染料法） 检测HER2 癌基因表达………………………………… 50实验二十三 实时荧光定量PCR （探针法） 检测乙型肝炎病毒DNA ……………………………… 531分子诊断学实验指导第四章 分子克隆技术…………………………………………………………………………………… 56实验二十四 DNA 的限制性酶切反应…………………………………………………………………… 56实验二十五 DNA 片段的回收…………………………………………………………………………… 57实验二十六 DNA 的重组连接…………………………………………………………………………… 59实验二十七 感受态细胞的制备与转化………………………………………………………………… 61实验二十八 重组质粒的筛选与鉴定…………………………………………………………………… 63实验二十九 外源基因的诱导表达与检测……………………………………………………………… 65第五章 蛋白质组学研究技术………………………………………………………………………… 70实验三十 双向凝胶电泳技术分析胃癌蛋白质组……………………………………………………… 70实验三十一 蛋白质印迹法检测细胞中Bcl －2 蛋白…………………………………………………… 73第六章 生物信息学技术……………………………………………………………………………… 76实验三十二 生物信息学数据库及软件基本介绍和使用……………………………………………… 76实验三十三 DNA 测序数据分析流程…………………………………………………………………… 84实验三十四 RNA 测序数据分析流程…………………………………………………………………… 89第七章 综合性实验……………………………………………………………………………………… 93实验三十五 地中海贫血基因检测……………………………………………………………………… 93实验三十六 胃癌差异蛋白质分析……………………………………………………………………… 93实验三十七 结核分枝杆菌的检测……………………………………………………………………… 93实验三十八 原核基因的克隆表达与鉴定……………………………………………………………… 93实验三十九 GAPDH 基因重组质粒的构建……………………………………………………………… 94实验四十 CYP2D6 基因多态性检测…………………………………………………………………… 94实验四十一 H5N1 型禽流感的分子生物学检测……………………………………………………… 94实验四十二 丙型肝炎病毒的核酸定量与分型检测…………………………………………………… 94实验四十三 KRAS 基因PCR 扩增引物的设计………………………………………………………… 95第八章 自主设计性实验……………………………………………………………………………… 96实验四十四 人乳头瘤病毒衣壳抗原的表达…………………………………………………………… 96实验四十五 16S rRNA 基因鉴定空肠弯曲菌…………………………………………………………… 96实验四十六 血浆循环DNA 水平诊断肝细胞癌……………………………………………………… 96实验四十七 细胞色素P －450 药物代谢基因型与表型的分析……………………………………… 97实验四十八 淋球菌耐药性的分析……………………………………………………………………… 97实验四十九 荧光定量PCR 高分辨率熔解曲线分析检测JAK2 点突变……………………………… 97实验五十 人源defensin 的表达及其抗菌谱分析……………………………………………………… 98实验五十一 SUMO 蛋白酶的原核表达、纯化及活性研究…………………………………………… 98实验五十二 遗传病的全外显子组测序分析…………………………………………………………… 982目 录实验五十三 RNA 测序应用场景………………………………………………………………………… 98附录………………………………………………………………………………………………………… 100附录一 核酸和蛋白质数据…………………………………………………………………………… 100附录二 常用试剂的配制……………………………………………………………………………… 101参考文献…………………………………………………………………………………………………… 107