生物信息学(第4版)

目录序第四版前言**版前言致学生的信致老师的信**章 生物信息学的概念及发展历史 1**节 生物信息学的发展历史 1第二节 生物信息学的研究领域 5第三节 生物信息学的主要应用 6第四节 生物信息学面临的挑战 10思考题 11主要参考文献 11第二章 生物学数据库及其检索 12**节 生物学数据库简介 12第二节 生物学数据库的数据存储格式 21第三节 生物学数据库的检索 35思考题 43主要参考文献 44第三章 序列比对原理 45**节 序列比对相关概念 45第二节 序列比对打分方法 48第三节 序列比对算法 54第四节 序列比对工具 57第五节 多序列比对 60思考题 64主要参考文献 64第四章 蛋白质结构预测与分析 65**节 蛋白质结构组织层次 65第二节 蛋白质结构的测定与理论预测 70第三节 蛋白质对接 84第四节 蛋白质折叠与疾病 85思考题 89主要参考文献 89第五章 基因组学 90**节 基因组学概述 91第二节 蛋白质编码基因的注释 95第三节 RNA基因的注释 99第四节 重复序列的注释 101第五节 假基因的注释 102第六节 案例分析：黄瓜基因组的注释 103思考题 110主要参考文献 111第六章 转录组学 112**节 转录组学概述 112第二节 试验设计和测序流程 115第三节 转录组数据核心分析 117第四节 功能分析 122第五节 RNA-seq数据分析案例 134思考题 141主要参考文献 141第七章 非编码RNA 146**节 非编码RNA概述 146第二节 非编码RNA的分类 149第三节 microRNA 152第四节 lncRNA 159第五节 circRNA 161第六节 其他小分子RNA 165思考题 168主要参考文献 169第八章 蛋白质组学 170**节 蛋白质组学概述 170第二节 蛋白质的大规模分离鉴定技术 171第三节 蛋白质的翻译后修饰 177第四节 蛋白质分选 178第五节 蛋白质相互作用 180思考题 186主要参考文献 186第九章 系统生物学 187**节 系统生物学基本概念 187第二节 复杂网络及特征 191第三节 系统生物学基本技术与方法 193第四节 基因表达调控网络 197第五节 代谢网络 200第六节 信号转导途径 203第七节 蛋白质-蛋白质相互作用网络 210第八节 虚拟细胞 220第九节 生物学网络的构建、分析与可视化 220思考题 224主要参考文献 225第十章 合成生物学 228**节 合成生物学概述 228第二节 合成生物学基础研究**实例 231第三节 合成生物学应用研究**实例 237思考题 240主要参考文献 240第十一章 分子进化与系统发育 242**节 分子进化与系统发育概述 242第二节 分子系统发育树的构建方法 247第三节 系统发育树构建及应用 257思考题 269主要参考文献 269第十二章 统计学习与推理 272**节 统计学习与推理基础 272第二节 统计模型与参数推断 276第三节 聚类分析、主成分分析与Fisher判别 279第四节 贝叶斯推理 284第五节 隐马尔可夫模型 286第六节 动态神经网络 293第七节 深度学习 296第八节 支持向量机 303第九节 MATLAB的应用实例 308思考题 311主要参考文献 312第十三章 生物信息学编程基础 313**节 Linux操作系统 313第二节 生物信息学中的编程语言 322第三节 SQL及数据库编程 341第四节 并行计算 351思考题 357主要参考文献 357第十四章 新一代测序技术及其应用 358**节 测序技术概述 358第二节 第二代测序原理 360第三节 第二代测序技术的应用 366第四节 生物信息学在第二代测序中的应用 368第五节 生物信息学新技术与发展趋势 374思考题 377主要参考文献 378附录 379思政导读 379*批中国生物信息学终身成就奖得主简介 379国家基因组科学数据中心：整合中国组学资源，打破数据孤岛 383