农业螨类分子技术

第1章 绪论 1 1.1 螨的基本特征和生态系统 1 1.1.1 螨的基本特征 1 1.1.2 螨与生态系统 2 1.2 螨与农业生产 2 1.2.1 农业害螨的主要种类 2 1.2.2 农业益螨 3 1.2.3 农业害螨的抗药性与寄主适应的关系 4 1.3 农业害螨研究的分子技术发展 5 参考文献 6 第2章 农业螨类基因组测序 8 2.1 基因组测序技术概述 8 2.2 基因组测序技术方法 8 2.2.1 **代测序技术 8 2.2.2 第二代测序技术 9 2.2.3 第三代测序技术 11 2.3 常用基因组数据库 14 2.3.1 三大综合数据库中的基因组信息 14 2.3.2 5000种节肢动物测序平台 15 2.3.3 蜱螨基因组数据库 15 2.3.4 昆虫基因组数据库 15 2.4 基因组测序技术在农业害螨研究中的应用 16 2.4.1 二斑叶螨基因组测序 16 2.4.2 西方盲走螨基因组测序 19 2.4.3 黄瓜新小绥螨基因组测序 21 2.4.4 狄斯瓦螨基因组测序 22 2.5 展望 24 参考文献 24 第3章 农业害螨转录组测序 25 3.1 转录组测序技术 25 3.1.1 转录组测序技术的种类 25 3.1.2 转录组种类 26 3.1.3 常用转录组数据库介绍 27 3.2 转录组测序技术在农业害螨研究中的应用 29 3.2.1 二斑叶螨 29 3.2.2 朱砂叶螨 31 3.2.3 柑橘全爪螨 32 3.2.4 苹果全爪螨 33 3.2.5 伊氏叶螨 35 3.2.6 瓦螨 35 3.2.7 农业害螨小分子RNA 36 3.3 展望 38 参考文献 38 第4章 农业害螨蛋白质组测序 40 4.1 蛋白质组学技术 40 4.1.1 聚丙烯酰胺凝胶电泳 40 4.1.2 双向凝胶电泳 43 4.1.3 iTRAQ 46 4.1.4 Label-free 47 4.1.5 SWATH 49 4.2 常用蛋白质组数据库 50 4.2.1 UniProt 50 4.2.2 PIR数据库 52 4.2.3 PIR-PSD 53 4.2.4 RCSB PDB蛋白质三级结构数据库 53 4.2.5 Swiss-Prot 53 4.3 蛋白质组测序技术在农业害螨研究中的应用 54 4.3.1 滞育二斑叶螨的蛋白质组学 54 4.3.2 柑橘全爪螨抗性品系的蛋白质组学 56 4.3.3 巴氏新小绥螨高低温品系的蛋白质组学 57 4.3.4 瓦螨属狄斯瓦螨的蛋白质组学 59 4.3.5 微小牛蜱的蛋白质组学 62 4.3.6 与农业害螨相关的蛋白质组学研究 65 4.4 展望 68 参考文献 69 第5章 农业害螨物种分子鉴定技术 72 5.1 分子生物学物种鉴定技术概述 72 5.1.1 DNA分子标记技术 72 5.1.2 DNA条形码 75 5.2 核酸序列分析常用的分子标记 75 5.2.1 核糖体DNA 75 5.2.2 线粒体DNA 77 5.3 分子鉴定技术在农业害螨研究中的应用 78 5.3.1 在植食性害螨中的应用 78 5.3.2 害螨天敌的应用 79 5.4 展望 79 参考文献 80 第6章 农业害螨种群遗传分析技术 82 6.1 种群遗传分析技术概述 82 6.1.1 种群遗传变异与适应 82 6.1.2 种群遗传多样性的检测方法 83 6.1.3 影响种群遗传多样性的因素 84 6.2 种群遗传分析中的分子标记技术 86 6.2.1 微卫星分子标记的获得与分析 86 6.2.2 线粒体DNA的获得与分析 92 6.2.3 其他常见分子标记概述 95 6.3 种群遗传分析技术在农业害螨研究中的应用 97 6.3.1 柑橘全爪螨 98 6.3.2 二斑叶螨 100 6.3.3 其他螨类 103 6.4 展望 105 参考文献 106 第7章 农业害螨RNA表达分析技术 111 7.1 概述 111 7.2 常用的RNA表达分析技术 111 7.2.1 RNA印迹 111 7.2.2 实时荧光定量PCR 115 7.2.3 半定量PCR 123 7.2.4 基因芯片检测 123 7.2.5 数字表达谱测序 126 7.2.6 原位杂交技术 127 7.3 RNA表达分析技术在农业害螨研究中的应用 131 7.3.1 内参基因筛选 131 7.3.2 螨类热激蛋白的研究 132 7.3.3 螨类抗性机制的研究 133 7.3.4 其他方面的研究 136 7.4 展望 138 7.4.1 基因表达检测技术的发展 138 7.4.2 基因表达检测技术在农业螨类基因功能研究中的应用 139 参考文献 139 第8章 农业害螨RNA干扰技术 142 8.1 RNA干扰技术 142 8.1.1 RNA干扰现象的发现与发展 142 8.1.2 RNA干扰中几类关键酶的研究 144 8.1.3 RNA干扰的作用机制 146 8.1.4 RNA干扰的作用特点 149 8.1.5 RNA干扰的生物学意义 150 8.1.6 RNA干扰技术的应用 150 8.2 RNA干扰技术在农业害螨研究中的应用 153 8.2.1 RNA干扰中影响干扰效率的五大因素 153 8.2.2 RNAi技术在二斑叶螨、朱砂叶螨和柑橘全爪螨中的应用 154 8.3 展望 164 参考文献 166 第9章 农业害螨异源表达技术 170 9.1 异源表达技术发展简史 170 9.2 常用的异源表达技术 170 9.2.1 原核表达技术 170 9.2.2 酵母表达系统 177 9.2.3 昆虫细胞表达系统 179 9.2.4 非洲爪蟾卵母细胞表达技术 182 9.3 异源表达技术在农业害螨研究中的应用 187 9.3.1 原核表达系统 187 9.3.2 昆虫细胞表达系统 188 9.3.3 爪蟾卵母细胞表达系统 189 9.4 展望 189 参考文献 190 第10章 农业害螨研究前瞻性技术 191 10.1 基因改造技术 191 10.1.1 转座子技术 191 10.1.2 基因编辑CRISPR/Cas9技术 201 10.2 亚细胞定位技术 208 10.2.1 免疫组织化学 208 10.2.2 荧光原位杂交技术 211 10.2.3 亚细胞定位在农业害螨研究中应用的潜力 212 10.3 展望 213 参考文献 214