分子系统发生学

前言第1章 系统发生学概论1.1 系统发生与系统发生学1.2 系统发生关系的含义1.2.1 表征关系1.2.2 分支关系1.2.3 遗传关系1.2.4 系统发生关系1.2.5 年代关系1.2.6 地理分布关系1.3 分子系统发生分析的原理和假设1.3.1 分子系统发生分析的原理1.3.2 分子系统发生分析的假设1.3.3 分子数据的优点1.4 分子系统发生学的方法论1.5 分子系统发生学的发展历史1.6 系统发生分析的策略与步骤1.7 分子系统发生学的文献资源1.7.1 分子系统发生学期刊1.7.2 分子系统发生学领域主要专著和教科书1.8 分子系统发生学的成就和问题 第2章 系统发生分析基础2.1 分子进化基础2.1.1 分子进化的动力2.1.2 分子进化的中性理论2.1.3 溯祖理论2.2 系统发生分析的分类学基础2.2.1 系统发生与分类学的关系2.2.2 分类阶元的系统发生意义2.3 性状和性状分析方法2.3.1 性状的分类2.3.2 关于性状的基本假设2.3.3 性状进化分析方法2.3.4 性状的加权2.3.5 性状的同源2.3.6 性状的同型2.4 系统发生分析的数学基础2.5 系统发生分析的统计学基础2.5.1 概率分布2.5.2 系统发生的统计学检验2.5.3 零假设与零模型2.5.4 常用检验方法2.5.5 随机数据及其在系统发生中的应用2.6 理论系统发生学2.7 模拟系统发生研究2.7.1 系统树的模拟2.7.2 序列的模拟2.7.3 系统发生模拟研究的优势2.8 系统发生分析的算法2.8.1 精确算法2.8.2 启发式算法第3章 系统树3.1 系统树的概念和含义3.2 系统树的要素3.2.1 系统树的拓扑结构3.2.2 系统树的节点3.2.3 系统树的分枝和分枝长度3.3 演化历史与系统树的完整性3.4 系统树表达的信息3.5 系统树概念和表达形式的发展3.6 系统树的类型3.6.1 树状图与网状图3.6.2 有根树和无根树3.6.3 标度树与未标度树3.6.4 基因树和物种树3.6.5 基础树和合一树、源树和超树3.6.6 期望树与实际树3.6.7 普适生命树与完全树3.6.8 二歧树和多歧树3.6.9 系统树的表示形式3.7 系统树的数学描述3.7.1 系统树各部位的名称3.7.2 二分树及其表示方式3.7.3 二歧树的性质…… 第4章 系统发生信息学第5章 数据集准备与序列比对第6章 数据集系统发生信号评估第7章 进化模型及其选择第8章 距离矩阵方法第9章 简约法第10章 *大似然法第11章 贝叶斯系统发生推论法第12章 系统发生网络、超树和无比对方法第13章 系统发生假设检验第14章 系统发生分析的可靠性与影响因素第15章 不同类型数据的分析策略第16章 复杂数据和困难系统发生的分析策略与方法第17章 多源数据集分析策略和方法第18章 系统树的可视化、注释与应用参考文献彩图