发酵垫料整合微生物组菌剂研发与应用

**章　整合微生物菌组剂的提出、研发与应用 001
**节　连作障碍与根际微生物组 002
一、连作障碍引起作物产量下降 002
二、作物根际微生物组变化 003
三、作物根际微生物组的重建 004
四、整合微生物组菌剂概念的提出 004
五、整合微生物组菌剂的研究 005
第二节　整合微生物组菌剂的研究方法 008
一、整合微生物组菌剂的生产过程 008
二、整合微生物组菌剂营养成分分析 008
三、整合微生物组菌剂芽胞杆菌活菌总含量的测定 009
四、基于宏基因组的整合菌剂产品细菌微生物组的测定 009
五、整合微生物组菌剂对种子发芽影响的测定 009
六、整合微生物组菌剂对番茄穴盘育苗壮苗作用的研究方法 010
七、整合微生物组菌剂对番茄穴盘育苗青枯病防控的研究方法 010
第三节　整合微生物组菌剂产品特性 010
一、整合微生物组菌剂生产工艺简述 010
二、整合微生物组菌剂营养成分分析 012
三、整合微生物组菌剂芽胞杆菌总活菌数测定 013
四、基于宏基因组整合菌剂产品细菌微生物组测定 016
五、整合微生物组菌剂对种子发芽的影响 020
六、整合微生物组菌剂的壮苗作用 021
七、整合微生物组菌剂对病害防控的作用 022
第四节　整合微生物组菌剂特点及生产质量标准化讨论 023
一、整合微生物组菌剂提出、研发与应用 023
二、整合微生物组菌剂特点 024
三、整合微生物组菌剂生产出大量的芽胞杆菌 025
四、整合微生物组菌剂中猪病原菌的含量 025
五、 整合微生物组菌剂对种子发芽、种苗生长和病害防控的影响 026
六、整合微生物组菌剂生产工艺和质量标准初步确定 027

第二章　菌剂发酵床特征微生物空间分布 028
**节　菌剂发酵床芽胞杆菌生态位 029
一、概述 029
二、研究方法 030
三、菌剂发酵床空间生态位垫料营养特性分析 032
四、菌剂发酵床空间生态位细菌宏基因组测序 033
五、菌剂发酵床空间生态位芽胞杆菌活菌计数 034
六、基于宏基因组测序菌剂发酵床空间生态位芽胞杆菌数量（read）分布 035
七、菌剂发酵床空间生态位芽胞杆菌亚群落分化 039
八、菌剂发酵床空间生态位芽胞杆菌种群空间分布型 041
九、菌剂发酵床空间生态位芽胞杆菌数量（read）与垫料营养特性的相关性 042
十、菌剂发酵床芽胞杆菌空间生态位宽度 044
十一、菌剂发酵床芽胞杆菌空间生态位重叠 046
十二、讨论与总结 048
第二节　菌剂发酵床芽胞杆菌数量与空间分布研究 051
一、概述 051
二、研究方法 052
三、菌剂发酵床芽胞杆菌种类和数量分布 055
四、菌剂发酵床芽胞杆菌空间分布 056
五、菌剂发酵床芽胞杆菌空间分布型 066
六、菌剂发酵床芽胞杆菌多样性指数 068
七、讨论与总结 071
第三节　菌剂发酵床真菌空间分布 075
一、概述 075
二、研究方法 076
三、菌剂发酵床真菌的分离鉴定 079
四、菌剂发酵床真菌种群空间分布格局 080
五、菌剂发酵床真菌种群空间分布频次 082
六、菌剂发酵床真菌种群空间分布型 082
七、菌剂发酵床真菌种群多样性指数 083
八、菌剂发酵床真菌种群生态位特性 084
九、讨论与总结 086

第三章　整合微生物组菌剂微生物组多样性 088
**节　整合微生物组菌剂微生物含量估计 089
一、概述 089
二、整合微生物组菌剂样本芽胞杆菌属活菌计数 089
三、整合微生物组菌剂细菌含量的估算 094
四、讨论与总结 097
第二节　菌剂发酵床与堆肥工艺产品微生物组差异 097
一、不同工艺细菌属种类差异 097
二、不同工艺前5个优势细菌属结构差异 110
三、不同工艺千级含量（read）细菌属组成差异 111
四、不同工艺芽胞杆菌属种类差异 112
五、菌剂发酵床与堆肥工艺产品细菌活菌数的估计 113
六、讨论与总结 114
第三节　整合微生物组菌剂细菌物种多样性 114
一、整合微生物组菌剂细菌物种分析 114
二、整合微生物组菌剂物种组成 158
三、整合微生物组菌剂细菌样本特性 247
四、整合微生物组菌剂细菌物种差异分析 313
五、整合微生物组菌剂多级物种差异分析（LEfSe） 338
六、整合微生物组菌剂细菌物种系统进化分析 342
七、讨论与总结 345

第四章　整合微生物组菌剂的作用机理 347
**节　概述 348
一、土壤微生物组 348
二、作物连作障碍及其防治 349
三、微生物组的生产技术 351
四、微生物组菌剂功能研究 352
第二节　添加菌剂对肉汤实验可培养细菌群落影响 353
一、概述 353
二、研究方法 353
三、可培养细菌分离 355
四、可培养细菌鉴定 360
五、不同菌剂对可培养细菌群落数量变化的影响 369
六、整合菌剂对可培养细菌群落生态学特性的影响 373
七、讨论与总结 395
第三节　添加菌剂对肉汤实验微生物组的影响 396
一、概述 396
二、肉汤实验体系微生物组总量的恒定特性 396
三、添加菌剂对肉汤实验微生物组结构变化的影响 399
四、添加菌剂对肉汤实验细菌群落分布的影响 406
五、讨论与总结 415
第四节　添加菌剂对发酵阶段微生物组的影响 415
一、肉汤实验发酵阶段的划分 415
二、发酵阶段细菌群落组成的变化 416
三、发酵阶段芽胞杆菌种群组成的变化 449
四、讨论与总结 457
第五节　添加菌剂对肉汤实验脂肪酸组的影响 460
一、概述 460
二、研究方法 460
三、不同处理组肉汤实验过程脂肪酸组分析 463
四、不同处理组肉汤实验过程特征脂肪酸变化 499
五、不同处理组肉汤实验脂肪酸培养组变化 520
六、讨论与总结 550
第六节　添加菌剂对肉汤实验物质组的影响 551
一、概述 551
二、研究方法 552
三、肉汤实验物质组发酵过程物质组变化 552
四、添加芽胞菌剂发酵过程物质组特性分析 561
五、添加链霉菌剂发酵过程物质组特性分析 635
六、添加整合菌剂发酵过程物质组特性分析 693
七、空白对照发酵过程物质组特性分析 748

第五章　整合微生物组菌剂功能群与同工菌 805
**节　概述 806
一、物种功能群 806
二、微生物群落 808
三、微生物功能群和同工菌 811
第二节　研究方法 814
一、肉汤实验 814
二、微生物组和酶活性分析 814
第三节　肉汤实验微生物组功能群的分析 816
一、引言 816
二、芽胞菌剂组功能群分析 817
三、链霉菌剂组功能群分析 820
四、整合菌剂组功能群分析 824
五、空白对照组功能群分析 827
六、讨论 831
第四节　肉汤实验芽胞杆菌同工菌的分析 831
一、引言 831
二、芽胞菌剂组芽胞杆菌同工菌分析 833
三、链霉菌剂组芽胞杆菌同工菌分析 838
四、整合菌剂组芽胞杆菌同工菌分析 842
五、空白对照组芽胞杆菌同工菌分析 846
六、讨论 850

第六章　整合微生物组菌剂的应用 851
**节　整合微生物组菌剂用于生防菌肥二次发酵 852
一、用于细菌生防菌肥二次发酵 852
二、用于真菌生防菌肥二次发酵 858
第二节　整合微生物组菌剂用于植物疫苗二次发酵 893
一、用于细菌植物疫苗二次发酵 893
二、用于真菌植物疫苗二次发酵 901
第三节　整合微生物组菌剂用于配制育苗基质 908
一、概述 908
二、研究方法 908
三、不同配方的基质理化性质分析 910
四、 不同垫料浸提液对种子发芽的影响及不同基质对蔬菜生长的影响 911
五、基于垫料的基质配方蔬菜育苗生长特性的相关性分析 917
六、讨论 919
第四节　整合微生物组菌剂用于防治番茄青枯病 920
一、概述 920
二、研究方法 920
三、不同处理番茄根系的土壤养分含量分析 922
四、青枯病植物疫苗对番茄育苗健康的作用 923
五、青枯病植物疫苗及其应用方式对番茄田间生长特性的影响 923
六、青枯病植物疫苗及其应用方式对番茄青枯病田间防效的影响 924
七、讨论 925
第五节　整合微生物组菌剂用于修复番茄连作障碍 926
一、概述 926
二、研究方法 926
三、不同处理对土壤养分含量的影响 928
四、不同处理对土壤酶活性的影响 928
五、不同处理对番茄田间植株生长特性的影响 929
六、不同处理对番茄青枯病害防效的影响 929
七、讨论 930

参考文献 932