分子微生物学前沿

序
前言
**章细菌分类、命名与鉴定的研究进展
**节细菌分类的研究历史
第二节细菌分类的依据和方法
一、 细菌的分类原则与层次
二、 细菌分类和鉴定的依据
第三节细菌的分类系统
第四节细菌的命名
一、 细菌的命名法
二、 参考菌株及其保藏
三、 细菌新名称的发表
第五节细菌的鉴定
一、 细菌的鉴定步骤与方案
二、 同一种内不同菌株的鉴定
三、 常用细菌鉴定方法的分辨率
主要参考文献
第二章新的细菌毒力因子的发现与鉴定
**节细菌转座子随机突变技术
一、 高通量筛选与某种功能有关的基因
二、 细菌突变株库的建立
第二节标签标记的突变技术
第三节基于毒力基因表达调控特点的筛选技术
一、 体内表达技术
二、 差异荧光诱导技术
三、 体内诱导抗原鉴定技术
主要参考文献
第三章微生物抗不利环境的分子基础
**节微生物耐受低温的分子机制
一、 通过调整细胞膜脂类的组成来适应低温环境
二、 低温微生物的蛋白质和低温酶
三、 低温微生物通过产生冷激蛋白适应低温环境
四、 热激蛋白的作用
五、 rna降解体的作用
六、 冷冻保护剂的作用
七、 形成活的非可培养细胞
八、 交叉适应反应
九、 抗冻蛋白的作用
第二节微生物耐受高温的分子机制
一、 细胞膜
二、 呼吸链蛋白质
三、 trna
四、 多聚胺
五、 细胞质中存在保护剂
六、 蛋白质
·vi·第三节微生物抗酸的分子机制
一、 存在重金属离子
二、 含有特殊化学成分
三、 含有抗酸水解的蛋白质
四、 ph稳态和膜电荷
五、 嗜酸细菌抗so2－4的原因
六、 代谢响应
七、 脱羧酶反应
第四节嗜盐微生物抗高浓度nacl的分子机制
一、 杜氏藻
二、 嗜盐杆菌
三、 中度嗜盐菌
四、 海洋酵母菌
第五节低营养环境中的微生物生命机制
第六节嗜压微生物的分子生物学
第七节微生物抗辐射的分子机制
一、 微生物细胞本身具有许多保护机制来防止辐射对细胞的损害
二、 dna修复机理
三、 修复由电离辐射引起的dna损伤
四、 耐辐射异常球菌修复酶
五、 耐辐射异常球菌保护酶
第八节微生物抗重金属的机制
一、 生物吸附作用
二、 细胞外的沉淀作用和结晶作用
三、 与细胞运输有关的抗性机制
四、 细胞内的隔离作用和解毒作用
五、 金属的转化作用
六、 形态变化
主要参考文献
第四章微生物群体感应系统
**节群体感应的研究历史
第二节群体感应的分子机制
一、 革兰阴性菌的群体感应系统
二、 革兰阳性菌的群体感应系统
三、 不同细菌之间的群体感应系统
第三节群体感应的生物效应
一、 调控细菌毒力
二、 对宿主的侵袭和定植
三、 调控生物被膜形成
四、 细菌群集运动
第四节群体感应的应用
一、 病原菌的诊断
二、 新的抗菌策略
三、 防治生物污染
四、 为合成生物学提供调控模块
主要参考文献
·vii·第五章细菌的免疫系统
**节r?m系统
一、 r?m系统的发现
二、 r?m系统的作用方式
三、 r?m系统的分型
第二节t?a系统
一、 t?a系统的发现
二、 t?a系统的结构特点
三、 t?a系统的基因家族
四、 t?a系统的类型及其在细菌免疫方面的作用方式
五、 t?a系统预测分析工具
第三节abi系统
一、 abi系统概述
二、 大肠埃希菌的abi系统
三、 乳酸乳球菌的abi系统
第四节crispr?cas系统
一、 crispr?cas系统的发现
二、 crispr?cas系统的结构特点
三、 crispr?cas系统的分型
四、 crispr?cas系统的作用方式
五、 crispr?cas系统的检测与分析工具
主要参考文献
第六章病原体相关分子模式与机体的模式识别
一、 病原体相关分子模式
二、 机体的模式识别受体
三、 pamp在病原体致病中的意义
主要参考文献
·viii·第七章细菌的分泌系统
**节ⅰ型分泌系统
一、 t1ss的组成及功能
二、 t1ss分泌蛋白的特征
三、 t1ss的分泌信号
四、 t1ss的应用
第二节ⅱ型分泌系统
一、 t2ss的组成及功能
二、 t2ss的分泌途径和机制
三、 t2ss的分泌信号
四、 t2ss的研究现状
第三节ⅲ型分泌系统
一、 t3ss的组成及功能
二、 t3ss的分泌机制
三、 t3ss的应用与展望
第四节ⅳ型分泌系统
一、 t4ss的结构和组成
二、 t4ss的分泌信号与效应分子
三、 t4ss与感染性疾病
第五节ⅴ型分泌系统
一、 自转运分泌系统
二、 双伴侣分泌系统
三、 vc型分泌系统
四、 t5ss的应用与展望
第六节ⅵ型分泌系统
一、 t6ss的发现
二、 t6ss的结构和组成
三、 t6ss的分泌机制
四、 小结与展望
第七节ⅶ型分泌系统
一、 t7ss的发现
二、 t7ss的组成和分泌蛋白
三、 t7ss的分泌机制
四、 t7ss的功能
五、 其他革兰阳性菌的t7ss
六、 小结与展望
主要参考文献
·ix·第八章微生物水平基因转移
**节细菌的可移动遗传元件
一、 质粒
二、 噬菌体与噬菌体样的基因转移元件
三、 转座因子
四、 整合子
五、 基因组岛
第二节水平基因转移的方式与机制
一、 水平基因转移的方式
二、 水平基因转移的一般步骤
三、 水平基因转移的特点
第三节水平基因转移在生物进化中的作用
一、 加快基因组的进化速度
二、 促进细菌表型进化
三、 水平基因转移与趋同进化、趋异进化及返祖遗传
第四节水平基因转移的研究方法
一、 序列同源性统计
二、 碱基组成分析
三、 核苷酸编码偏嗜性分析
四、 特殊序列鉴定法
五、 选择压力分析法
六、 种系发生分析
七、 共线性排布分析
第五节水平基因转移的障碍
一、 限制修饰障碍
二、 表面排斥
三、 启动子识别障碍
四、 复制障碍
五、 复杂性假说
六、 毒性基因
七、 展望
第六节水平基因转移与转基因生物的安全性及生物修复
一、 水平基因转移与基因工程
二、 水平基因转移与污染物降解/修复
三、 生物被膜中水平基因转移及其促成的生物强化作用
主要参考文献
第九章细菌膜囊泡
一、 革兰阴性菌的细胞壁复合体
二、 细菌膜囊泡的产生和组成
三、 人体内感染过程中细菌膜囊泡
四、 膜囊泡功能
五、 实验室膜囊泡的制备
主要参考文献
·x·第十章细菌的纳管系统
一、 纳管的发现
二、 纳管的生物学特征
三、 纳管的形成
四、 纳管的功能
五、 纳管通道与其他细菌交流方式的比较
六、 纳管的生物学意义
七、 未解之谜
主要参考文献
第十一章微生物生物钟系统
一、 生物钟系统
二、 粗糙脉孢菌是生物钟研究的极佳模式生物
三、 粗糙脉孢菌生物钟系统运行的分子机制
四、 核心振荡器的保守性及研究展望
主要参考文献
第十二章微生物生物波及其调控机制
一、 微生物生物波发现过程及其概念
二、 奇异变形杆菌波动生长的现象及其机制初探
三、 波动生长现象的普遍性
主要参考文献
第十三章微生物群落与宿主相互作用
一、 人体各部位的微生物群落特征
二、 微生物群落和人体代谢
三、 微生物群落与免疫系统
四、 前瞻
主要参考文献
第十四章病毒与宿主细胞相互作用的分子基础
**节病毒受体研究进展
一、 病毒受体的本质与特点
二、 病毒吸附蛋白及其与受体的相互作用
第二节整合素在病毒感染宿主细胞过程中的作用
一、 病毒利用整合素进入宿主细胞
二、 病毒对宿主细胞整合素表达的影响
第三节病毒感染与细胞凋亡
一、 病毒与宿主细胞凋亡的关系
二、 细胞凋亡在病毒致病机理中的作用
第四节病毒感染过程中mirna 的调控作用
一、 猴泡沫病毒
二、 禽流感病毒
三、 水泡性口炎病毒
四、 人免疫缺陷病毒
五、 丙型肝炎病毒
·xi·第五节宿主细胞泛素系统与病毒的相互作用
一、 宿主细胞泛素系统在抗病毒感染中的作用
二、 泛素系统与肿瘤病毒
三、 泛素系统在病毒出芽中的作用
第六节toll样受体介导的抗病毒天然免疫
一、 tlr的分子特征
二、 tlr对病毒的识别
三、 tlr介导的抗病毒免疫信号转导
第七节干扰素的抗病毒作用
一、 干扰素的产生
二、 干扰素的性质
三、 干扰素的抗病毒活性
主要参考文献
第十五章病毒工厂的构成及其功能
一、 正链rna病毒
二、 负链rna病毒
三、 dna病毒
主要参考文献