生物信息学

目 录
第1章 引言 1
1.1 人类基因组计划对生命科学的影响 1
1.2 生物信息学的定义和研究内容 2
1.3 生物信息学研究方法 3
第2章 分子生物学及生物组学基础知识 7
2.1 遗传物质及遗传信息 7
2.2 分子生物学基本技术 10
2.3 基因与基因组学 11
2.4 蛋白质的结构与功能 12
2.5 生物学中心法则 17
2.6 蛋白质组学 18
2.7 转录组学 19
2.8 代谢组学 20
第3章 常用分子生物信息数据库 21
3.1 核酸序列数据库 21
3.2 蛋白质数据库 29
3.3 其他生物分子数据库 32
第4章 生物信息学中的数学基础 36
4.1 概率论与随机过程理论 36
4.2 多元统计分析 42
4.3 动态规划 47
4.4 智能计算方法 49
4.5 计算结果评估 58
第5章 基因组信息分析 66
5.1 原核基因组结构及功能分析 66
5.2 真核基因组结构及功能分析 68
5.3 基因组组装 70
5.4 DNA 序列调控元件（模体或基序）识别 77
5.5 基因组条形码构建与分析 84
5.6 表观基因组学 86
第6章 转录组信息分析 91
6.1 转录组测序技术及分析流程 91
6.2 mRNA 信息分析 98
6.3 非编码RNA 信息分析 111
第7章 蛋白质组信息分析 133
7.1 蛋白质组学研究的开端和意义 133
7.2 蛋白质组学研究技术 137
7.3 蛋白质二级结构预测 142
7.4 蛋白质三级结构预测 145
7.5 蛋白质翻译后修饰的鉴定 148
7.6 蛋白质亚细胞定位 158
7.7 蛋白质组学在医学相关领域中的应用 162
第8章 分子系统进化分析 168
8.1 核苷酸替换模型 168
8.2 氨基酸和密码子替代模型 173
8.3 序列比对 174
8.4 系统树构建方法 181
8.5 系统树的可靠性与检验 185
8.6 适应性进化检测方法 188
第9章 基因功能研究 193
9.1 基因功能注释 193
9.2 基因功能富集分析 204
9.3 基因功能预测 213
9.4 基因功能的相似性 215
第10章 生物分子网络分析 218
10.1 常见的生物分子网络及通路 218
10.2 网络的拓扑属性 224
10.3 网络模块的识别 234
10.4 生物分子网络重构 238
10.5 生物分子网络比对 244
10.6 生物分子网络数据库及分析软件 248
参考文献 266