医学生物信息学数据分析与应用

目录 **章 绪论 1 **节 生物信息学基础与研究范畴 1 第二节 生物信息学与精准医疗研究 4 第三节 生物信息学中的计算机技术与网络 6 第四节 生物与医学类文献检索的方法 13 第二章 组学技术与数据分析及其医学应用 20 **节 基因组学数据分析与医学应用 20 第二节 蛋白质组学数据分析与医学应用 25 第三节 转录组学数据分析与医学应用 30 第四节 代谢组学数据分析与医学应用 32 第三章 非编码RNA功能与基因调控分析 35 **节 miRNA功能研究与医学应用 35 第二节 lncRNA功能研究与医学应用 40 第三节 circRNA功能研究与医学应用 46 第四节 非编码RNA数据库简介 58 第四章 高通量测序技术与医学应用 72 **节 第二代测序技术 72 第二节 第三代测序技术 75 第三节 第二代测序技术与医学应用 77 第四节 高通量测序策略在无创遗传筛查中的应用 83 第五章 模式动物与基因编辑技术 86 **节 模式动物与常用数据库 86 第二节 基因编辑与常用数据库 94 第六章 病原微生物基因组与分子进化 101 **节 微生物基因组与分子进化 101 第二节 （典型）细菌分子进化的生物学（医学）意义 117 第三节 （典型）病毒分子进化的生物学（医学）意义 123 第七章 药物基因组研究与数据分析 129 **节 药物靶标筛选与药物设计 129 第二节 药物基因组学与精准医疗 140 第三节 个性化用药应用分析 146 第八章 常用生物信息数据库介绍 149 **节 生物信息核心数据库 149 第二节 常用核酸数据库 165 第三节 常用蛋白质数据库 180 第四节 基因组数据库 199 第九章 基因注释与基因功能富集分析 208 **节 基因注释 208 第二节 基因功能富集分析 209 第三节 基因注释和基因功能富集分析数据库 216 第十章 基因表达数据分析与应用 228 **节 基因表达水平分析 228 第二节 基因差异表达分析 231 第三节 基因表达数据库及应用 236 第十一章 蛋白质相互作用分析和网络构建 256 **节 蛋白质相互作用的分析策略与方法 256 第二节 STRING数据库的使用介绍 264 第三节 Cytoscape数据库的使用介绍 270 第十二章 生物信息学与临床数据整合案例分析 275 **节 生物信息学分析在肿瘤疾病中的应用研究 275 第二节 生物信息学分析在常见复杂性疾病中的应用研究 282 第三节 单基因遗传病的基因突变分析与致病性预测 287 第十三章 常用生物信息数据分析实验指导 291 实验一 常用数据库及数据库查询 291 实验二 核酸序列分析 294 实验三 GO和KEGG数据库分析 297 实验四 GEO数据库及GEO2R的应用 302 实验五 蛋白质相互作用分析（一）—— STRING数据库的使用 306 实验六 蛋白质相互作用分析（二）——Cytoscape的使用 309 实验七 GEPIA数据库的使用 316 实验八 Kaplan-Meier Plotter（KM）数据库分析 318 实验九 TargetScan预测miRNA的靶基因 322 实验十 分子进化分析软件PHYLIP的使用 326 参考文献 333 附录一 名词解释与术语 335 附录二 常用数据库和软件工具网址 344