蛋白质组信息学

目录 **篇.蛋白质组信息学的基础知识 **章蛋白质组与信息学1 **节蛋白质组和蛋白质组学1 第二节蛋白质组学研究的意义4 第三节如何研究蛋白质组学？5 第四节蛋白质组学应用实例8 第五节蛋白质的功能8 第六节蛋白质组中的信息学10 第七节人类蛋白质组学研究标准化计划13 第八节蛋白质组学发展趋势16 第二章蛋白质组学实验方法和应用18 **节蛋白质组学实验方法18 第二节蛋白质组学定量分析方法23 第三节蛋白质组学应用28 第三章标准、本体与蛋白质组数据分析33 **节本体的介绍33 第二节蛋白质相关本体介绍40 第三节本体与蛋白质组数据分析52 第四章蛋白质芯片58 **节蛋白质芯片基础58 第二节蛋白质芯片应用76 第二篇.蛋白质组的功能 第五章蛋白质亚细胞定位的信息学83 **节蛋白质亚细胞定位及其生物学意义83 第二节蛋白质亚细胞定位的数据资源86 第三节蛋白质亚细胞定位预测的算法、工具和应用90 第四节蛋白质亚细胞定位信息学未来发展96 第六章分泌蛋白质和膜蛋白的信息学100 **节分泌蛋白质概述100 第二节分泌蛋白质预测104 第三节信号肽剪切位点预测111 第四节分泌蛋白质数据库112 第五节膜蛋白概述113 第六节跨膜螺旋拓扑预测115 第七节β桶状跨膜蛋白拓扑预测120 第八节预测方法评价121 第九节膜蛋白数据库123 第七章糖蛋白和糖修饰的生物信息学127 **节蛋白糖基化127 第二节聚糖制备和分析方法129 第三节糖基化位点预测及鉴定140 第四节带有聚糖完整糖肽分析141 第五节糖蛋白位点的分析145 第六节糖蛋白技术发展和未来趋势147 第八章酰基化、甲基化和磷酸化等翻译后修饰的信息学分析149 **节蛋白质翻译后修饰简介149 第二节酰基化、甲基化和磷酸化等研究背景简介149 第三节酰基化、甲基化和磷酸化等位点分析152 第四节酰基化、甲基化和磷酸化等位点预测157 第九章新型组蛋白赖氨酸修饰的信息学160 **节新型组蛋白赖氨酸修饰简介160 第二节琥珀酰化修饰164 第三节巴豆酰化修饰166 第四节丙二酰化修饰167 第五节戊二酰化修饰168 第六节其他新型赖氨酸修饰类型168 第七节新型组蛋白赖氨酸修饰的生物信息学方法169 第八节小结与展望176 第三篇 蛋白质相互作用和演化 第十章蛋白质相互作用的计算与分析177 **节蛋白质相互作用的概念177 第二节蛋白质相互作用的鉴定178 第三节蛋白质互作网络的构建与分析181 第四节蛋白质互作网络的生物信息学应用187 第五节本章小结194 第十一章结构蛋白质组学：算法与模型195 **节结构蛋白质组学介绍195 第二节结构蛋白质组学数据库199 第三节基于高通量数据的蛋白质相互作用结构预测算法201 第四节蛋白质组的结构建模205 第五节蛋白质组的动力学模型210 第六节结语213 第十二章新基因起源与蛋白质组演化信息学214 **节蛋白质多样性的来源——新基因214 第二节蛋白质组功能演化和网络演化220 第三节演化的选择驱动力225 第四篇 蛋白质组学的应用 第十三章噬菌体展示技术及其在蛋白质组学中的应用232 **节噬菌体及其对生物医学领域的影响232 第二节噬菌体展示技术及其应用235 第三节噬菌体展示技术的蛋白质组学应用245 第四节噬菌体展示相关生物信息学研究255 第五节小结260 第十四章基于蛋白质组学的药物设计261 **节药物发现261 第二节蛋白质组学与药物发现261 第三节基于蛋白质组学数据的网络药理学266 第四节靶向蛋白质–蛋白质相互作用的药物设计271 第五节靶向翻译后修饰的药物设计278 第六节小结282 第十五章固有无序蛋白质组信息学283 **节固有无序蛋白质简介283 第二节固有无序蛋白质的数据库及预测软件286 第三节固有无序蛋白质的功能预测292 第十六章蛋白质组大数据和深度学习304 **节基于质谱的高通量蛋白质组学304 第二节蛋白质组大数据的产生304 第三节蛋白质组数据的格式306 第四节蛋白质组大数据的深度学习应用312 第五节小结316 第十七章蛋白质受体配体结构、功能与信息学318 **节蛋白质受体配体简介318 第二节蛋白质受体配体数据库318 第三节蛋白质受体配体相互作用预测322 第四节蛋白质受体配体结构预测328参考文献333