生物信息学(第二版)

目录
**章 绪论1
**节 生物信息学的概念1
第二节 生物信息学的历史2
第三节 为什么要学生物信息学4
第四节 生物信息学的方向和应用领域4
第五节 如何学习生物信息学6
第二章 生物信息学数据资源8
**节 数据库概述8
第二节 核酸数据库9
第三节 蛋白质数据库15
第四节 基因组数据库21
第五节 其他生物信息学数据库23
第三章 序列比对25
**节 序列比对概述25
第二节 序列比对的评分体系27
第三节 双序列比对方法35
第四节 多序列比对方法40
第四章 数据库搜索48
**节 数据库搜索概述48
第二节 基本局部比对搜索工具49
第三节 高级数据库搜索56
第五章 系统发育分析60
**节 系统发育概述60
第二节 分子系统发育树的构建方法65
第三节 系统发育树的评估73
第六章 自然选择的检验75
**节 生物进化重要理论概述75
第二节 氨基酸位点的适应性进化77
第三节 特定位点和分支的适应性进化83
第四节 群体自然选择检验86
第七章 基因组学90
**节 基因组学概论90
第二节 基因组分析93
第三节 基因组学研究方向及应用106
第八章 转录组学111
**节 转录组概述111
第二节 RNA-seq实验和分析的基本思路112
第三节 转录组常用数据库125
第九章 蛋白质组学128
**节 蛋白质组学概述128
第二节 蛋白质组数据的产生130
第三节 蛋白质组数据的分析138
第十章 代谢组学149
**节 代谢组学概述149
第二节 代谢组学数据处理的常用方法152
第三节 代谢组学分析工具和数据库概述161
第四节 代谢组学分析工具——MetaboAnalyst167
第十一章 蛋白质结构计算175
**节 蛋白质结构分类175
第二节 蛋白质三维结构预测179
第三节 蛋白质-蛋白质相互作用预测188
第四节 展望192
第十二章 表观基因组学194
**节 表观基因组概述194
第二节 DNA甲基化194
第三节 组蛋白修饰198
第四节 RNA修饰204
第五节 常见表观基因组数据资源及工具210
第十三章 宏基因组215
**节 宏基因组概述215
第二节 宏基因组数据的产生217
第三节 宏基因组数据的分析221
第四节 宏基因组数据的相关资源与工具229
第十四章 非编码RNA235
**节 非编码RNA概述235
第二节 miRNA的生物信息学分析238
第三节 lncRNA的鉴别及分析240
第四节 circRNA的鉴别及分析243
第十五章 系统生物学246
**节 系统生物学概述246
第二节 常见分子生物网络248
第三节 系统生物学的建模策略254
第四节 生物分子网络分析259
第五节 系统生物学数据资源和工具268
主要参考文献270